La procédure de consultation sur les deux ordonnances relatives à l'a loi sur l'agriculture instituant des paiements directs complémentaires et des contributions pour prestations écologiques a donné lieu à de nombreuses critiques de la part des organisations paysannes, des partis politiques et des cantons. Ainsi, l’USP et l'UDC ont jugé insuffisant le montant destiné aux paiements directs; de son côté, le VKMB, tout comme les partis socialiste et écologiste, ont demandé que la somme versée pour les contributions écologiques soit plus élevée. Quant à lui, le PRD a estimé que les réglementations pour obtenir des contributions pour prestations écologiques étaient beaucoup trop compliquées. Pour les cantons de Vaud, de Genève et du Valais, les ordonnances prétériteraient les grandes exploitations et les cultures spéciales, comme la vigne, les fruits et les légumes, très présentes en Suisse romande. Enfin, les cantons de la Suisse centrale (UR, AI, NW, OW) se sont inquiétés de la faible part prévue pour les régions de montagne [10].

Lors de la présentation de ces deux nouvelles ordonnances, le Conseil fédéral a également annoncé sa décision de diminuer de 10 centimes le prix du lait (voir plus bas); afin de compenser cette baisse, il a augmenté de 130 millions de francs le montant prévu (190 millions) dans le budget 1993 pour les nouveaux paiements directs. Deux types de contributions sont prévus pour les paiements directs complémentaires: les contributions à l'exploitation et à la surface. Les premières, qui sont allouées aux exploitations d'une surface utile supérieure à 9 hectares, se composent d'une subvention de base oscillant entre 1000 et 2000 francs en fonction des zones et d'une somme complémentaire de 2500 francs, destinée aux exploitants qui détiennent au moins 5 unités de gros bétail. Les secondes, attribuées en fonction de la surface exploitée, sont composées d'une subvention de base (250 francs par hectare de surface agricole utile) et d'une contribution en fonction de la surface herbagère de 160 francs par hectare. Concernant les paiements pour des prestations écologiques, quatre catégories sont prises en compte: la compensation écologique (prairies très extensives, haies et bosquets, etc.), la production intégrée, la culture biologique et la détention contrôlée d'animaux de rente en plein air. Pour l'année 1993, un montant de 265 millions de francs a été attribué pour les paiements directs de caractère général alors que les contributions pour prestations écologiques se sont montées à 55 millions [11].

Le comité d'initiative «Paysans et consommateurs» a sévèrement critiqué la faiblesse des contributions pour prestations écologiques. Il a même déposé plainte au-près de la commission de gestion du Conseil national car il estimait que le Conseil fédéral violait l'esprit de la loi et ne respectait pas la volonté du parlement en introduisant une pareille disproportion entre les montants attribués pour les deux catégories de nouveaux paiements directs. En réponse à une interpellation Hämmerle (ps, GR), le Conseil fédéral a indiqué qu'en 1997, après une période d'introduction, les montants consacrés pour de telles prestations atteindraient le même niveau que les paiements directs de caractère général [12].

La chambre basse a transmis comme postulat une motion Baumann (pe, BE) qui prie le Conseil fédéral de mener une étude relative à l'impact sur l'environnement de la législation agricole en vue de remplacer la politique agricole pratiquée jusqu'à maintenant par un système simple et transparent de paiements directs. Elle a fait de même avec une motion Bühler (udc, GR) qui charge le gouvernement de faire en sorte que les paiements directs versés aux agriculteurs de montagne soient maintenus comme mesure distincte et non-intégrée dans les nouveaux paiements directs complémentaires [13].