Im Jura mussten die letzten Minister der ersten Stunde, François Lachat (cvp), Pierre Boillat (cvp) und Jean-Pierre Beuret (unabh. csp) wegen der Amtszeitbeschränkung ausscheiden. Zudem galt es für die FDP und die SP, ihre im Vorjahr bei Ergänzungswahlen verlorenen Sitze zurückzuerobern. Im ersten Durchgang schaffte keiner der 19 Kandidierenden das absolute Mehr für einen der fünf Regierungssitze, wobei mit drei CVP- und einem FDP-Vertreter die Bürgerlichen die Rangliste anführten. Bereits wurde über eine rein bürgerliche Regierung nach dem Vorbild Genfs spekuliert, was der zweite Wahlgang aber nicht bestätigte: Mit dem zweitbesten Resultat konnte sich der Sozialdemokrat Claude Hêche durchsetzen. Mit drei gewählten Kandidaten, dem Bisherigen Pierre Kohler sowie den Neuen Jean-François Roth und Gérald Schaller, eroberte die CVP das absolute Mehr in der Regierung. Die Freisinnigen konnten ihren 1993 verlorenen Sitz mit einer Frau, Anita Rion, zurückgewinnen, verpassten aber ihr Ziel einer Zweiervertretung knapp. Nicht wiedergewählt wurde Odile Montavon von der linksgrünen Gruppierung Combat socialiste, die 1993 bei den Ergänzungswahlen als erste Frau in die jurassische Regierung gewählt worden war.