La politique de promotion de la culture du colza de la Confédération a été fortement attaquée par le WWF. Ce dernier a en effet publié une étude prétendant que le Colza n'était pas écologique en tant qu'huile de remplacement du diesel et qu'il était trop cher pour les caisses fédérales, d'autres mesures de réduction du CO2 étant plus économiques. L'OFAG s'est opposé à ces conclusions, arguant notamment que la culture du colza, contrairement aux friches ou aux surfaces écologiques, était créatrice d'emplois [51].