Contre l'avis du gouvernement, le Conseil des Etats a transmis un postulat Jagmetti (prd, ZH) demandant que le chargement d'automobiles à travers le tunnel de base du Gothard soit intégré dans le projet Alptransit, ce qui permettrait d'utiliser les capacités du tunnel pour réduire tant la pollution que la consommation d'énergie [21].

Le Service d'information pour les transports publics (Litra) a, quant à lui, recommandé de réintroduire le transport de voitures à travers le Gothard, service interrompu en 1980 lors de l'entrée en service du tunnel routier. Les CFF ont déclaré ne pas être opposés par principe à une telle solution, mais ont douté qu'elle parvienne à couvrir ses coûts [22].

Allant plus loin dans cette logique, le WWF a proposé la réalisation d'une "autoroute ferroviaire" consistant à profiter de la construction des NLFA pour transférer tout le trafic (de marchandises et individuel) routier sur les rails, ce qui aurait pour corollaire la fermeture du tunnel routier du Gothard. Outre les avantages écologiques d'une telle entreprise, cela résoudrait également les problèmes posés par l'initiative des Alpes, soit le fait qu'elle ne concerne que les marchandises en transit et qu'elle est discriminatoire envers les camions étrangers [23].

Par mesure d'économie, le Conseil fédéral a, pour sa part, proposé de diminuer de moitié les subventions pour le transport de voitures dans les tunnels du Lötschberg et de la Furka. Cela a provoqué les protestations du gouvernement valaisan et du Berne-Lötschberg-Simplon (BLS). Ce dernier a indiqué que cette décision pourrait porter le montant des prix pour le transport d'automobiles à des niveaux tout à fait dissuasifs [24].