Aux fins de consultation, les CFF et le BLS ont remis à l'Office fédéral des transports (OFT) les avant-projets des axes du Lötschberg et du Gothard relatifs à la construction des nouvelles lignes ferroviaires à travers les Alpes (NLFA). Ceux-ci ont été présentés selon deux variantes en fonction de leur importance financière. L'une répond aux désirs des cantons et régions concernés et l'autre se conforme à l'enveloppe acceptée par le parlement (14 milliards de francs) [59].

Soutenus par leur population et les communes concernées, les cantons consultés ont tous demandé plus de tunnels (au total 30 km supplémentaires pour le Gothard et 12 pour le Lötschberg) et ont rejeté les variantes proposées. Pour le Lötschberg, Berne et le Valais se sont opposés à l'abandon provisoire prévu par la variante de base du tunnel de Niesen dans le Kandertal (BE) ainsi que celui allant vers Mundbach (VS). Ils ont également réclamé que le Gothard et le Lötschberg soient traités sur un pied d'égalité. Concernant le Gothard, les exigences des cantons conduiraient à ce que pratiquement toute la ligne soit enterrée. Uri a considéré que les variantes des CFF ne respectaient ni l'homme, ni l'environnement et a refusé qu'elles passent dans la vallée de la Reuss. Il a lui-même débloqué des fonds pour étudier un tracé dans la montagne [60]. Schwytz a rejeté particulièrement le viaduc entre Brunnen et Schwytz et a également souhaité une ligne souterraine. Il a en outre exigé un raccordement entier pour Arth-Goldau. Le Tessin s'est prononcé pour l'enterrement de la ligne peu après Biasca et le prolongement du tunnel jusqu'à Lugano et non jusqu'à Taverne. La traversée de la plaine de Magadino a également été contestée. De plus, selon les voeux du canton, Bellinzone devrait être contourné par l'ouest plutôt que par l'est et la ligne devrait être prolongée jusqu'à Chiasso [61].

Les offices fédéraux consultés ont également fait part de leurs réactions. L'OFEFP a fait plusieurs propositions pour mieux respecter l'environnement et a notamment suggéré de percer deux tunnels à voie unique plutôt qu'un seul tunnel à deux voies. L'Administration fédérale des finances a demandé une réalisation par étapes qui retarderait la construction du Lötschberg. L'Office fédéral de la culture a émis un avis contraire. Le DMF a souhaité que les NLFA ne gênent pas les activités militaires [62].

Suite à la consultation, les CFF ont résolu, pour le Gothard, de s'en tenir à la variante de base et de ne pas répondre aux voeux des cantons, à l'exception de deux modifications. La première concerne le prolongement du tunnel du Monte Ceneri vers Lugano (TI). La seconde prévoit la construction du tunnel de l'Urniberg dans le canton de Schwytz. Ces nouveaux éléments devraient faire croître le coût du projet jusqu'à 9,97 milliards de francs contre 9,7 pour la variante de base. Les cantons de Schwytz, d'Uri et du Tessin ont protesté contre la décision de la régie et ont demandé que toutes leurs exigences soient prises en compte. Pour le Lötschberg, les CFF ont proposé aux autorités fédérales deux variantes qui rejoignent celles mises en consultation. La première, dont le prix serait de 4,15 milliards de francs, renonce au tunnel du Niesen (BE) et à celui de Mundbach (VS), alors que la seconde (4,7 milliards) les intègre. Le Conseil fédéral devrait trancher en 1995 et le tout être mis à l'enquête en 1995-1996. Les travaux pourraient ainsi commencer en 1996. L'exploitation du Lötschberg pourrait être effective dès 2005, alors que celle du Gothard devrait intervenir deux ans plus tard [63].

Par ailleurs, les CFF, les cantons et les chemins de fer privés concernés ont présenté les études préliminaires aux avant-projets pour la connexion de la Suisse orientale au Gothard. Ce raccordement devrait se faire par les tunnels du Zimmerberg et du Hirzel sur la rive gauche du lac de Zurich. Ces ouvrages devraient être terminés en 2006 [64].

Le débat sur le choix de ne construire qu'un seul tunnel afin d'épargner les finances fédérales s'est poursuivi en 1994. Certains politiciens alémaniques ont exprimé leur conviction que la construction du seul tunnel du Gothard était suffisante, ce qui a provoqué l'ire d'un certain nombre de Romands et de Bernois. Pour sa part, s'appuyant sur de nouvelles analyses financières concluant que la Suisse ne pourra faire face à des investissements aussi gigantesques, O. Stich a, à nouveau, affirmé qu'il était nécessaire de ne construire que le Gothard. Ces déclarations ont provoqué de fortes protestations, notamment de la part du Valais et de Berne ainsi que des autres cantons romands, de diverses organisations et de M. Bégulin (ps, VD), président de la commission des transports du Conseil national. Ceux-ci ont répliqué que, s'il s'agissait de faire des économies, c'est bien plutôt au Gothard qu'il fallait renoncer car son coût est plus élevé que celui du Lötschberg. Ils ont par ailleurs rappelé qu'il fallait respecter la volonté populaire et ne pas frustrer une fois de plus la Suisse occidentale. Les trois partis gouvernementaux bourgeois se sont également ralliés à ces protestations. Le chef du DFTCE a répondu aux propos d'O. Stich en certifiant que les deux tunnels pouvaient être financés, qu'ils étaient nécessaires pour absorber le trafic européen et indispensables pour la Suisse romande. Le Conseil fédéral a pour sa part assuré que le percement du Lötschberg ne serait pas retardé et que les deux tunnels seraient traités sur un pied d'égalité [65].

Afin de sortir de ce débat, M. Friedli, directeur de l'OFT, a proposé de séparer la question de la construction des tunnels de celle des voies d'accès qui est la plus conflictuelle. Il s'agirait ainsi de réaliser dans un premier temps les tunnels de manière simultanée et de remettre à plus tard l'étude des voies d'accès et de leurs variantes. Les tunnels pourraient ainsi être achevés en 2005, en tout cas pour le Lötschberg. Les cantons du Valais, de Berne, du Tessin et d'Uri ont répondu favorablement à cette proposition [66].