Le Conseil fédéral a repris un certain nombre de suggestions faites par le groupe de réflexion sur l'avenir des CFF en 1993 afin de proposer une nouvelle conception politique directrice mise en consultation en mai. Parmi les variantes possibles pour la réforme de la régie (holding, société anonyme, création de diverses entreprises privées), le gouvernement a choisi le modèle de "régie fédérale allégée", modèle occasionnant le moins de bouleversements, mais qui devrait permettre une meilleure répartition des tâches et des responsabilités. Il prévoit l'existence d'un contrat d'entreprise entre la Confédération et les CFF, renouvelable périodiquement. Dans un souci de transparence, les secteurs des transports et de l'infrastructure feraient l'objet de comptabilités séparées. Ces réformes devraient notamment permettre de faire apparaître dans le compte financier de la Confédération les fonds d'investissement pour l'infrastructure et de mieux estimer le poids des CFF sur les finances fédérales. L'un des points centraux du projet concerne le traitement de la dette de la régie. Celle-ci, d'un montant de 13 milliards de francs, devrait être convertie, en partie au moins, afin de donner une meilleure base de départ aux CFF; la Confédération la reprendrait ainsi à son compte selon diverses modalités qu'il s'agit encore de déterminer [81].

Lors de la consultation, les partis et organisations concernées ont salué la volonté d'une plus grande orientation vers le marché des CFF. Le PS, le PRD et le PDC ont toutefois regretté l'absence de vision globale en matière de politique des transports et un manque de références aux entreprises de transport régional et à leur financement, à l'aménagement du territoire, à la protection de l'environnement ou à la politique régionale [82].

Les CFF ont annoncé que les suppressions d'emplois seront plus importantes que prévues dans la régie. Employant 37 000 personnes, cette dernière entend, d'ici à l'an 2000, abaisser ce chiffre à 32 700 plutôt qu'à 34 000, nombre envisagé jusqu'alors. La Fédération suisse des cheminots s'est opposée à des projets de ce type et a proposé l'instauration de la semaine de 40 heures. Selon le syndicat, cette mesure permettrait de créer 1750 emplois [83].

L'horaire 1994-1995 des CFF a montré la volonté d'économies de la régie par une diminution des prestations dans le trafic régional. 2,2% des kilomètres parcourus dans ce secteur ont ainsi été supprimés. Cela touche surtout des trains circulant dans des heures creuses. En outre, certains tronçons voient leur trafic transféré, pour tout ou partie, du rail à la route [84]. Par ailleurs, un nombre croissant de trains régionaux doivent circuler sans contrôleur. Les CFF ont encore prévu une réduction d'offre pour 1995 par de nouvelles suppressions de trains ou leur remplacement par des lignes de bus. Les régions concernées sont principalement le Jura, le Jura bernois et les montagnes neuchâteloises. Certaines lignes devraient être touchées dans les cantons de Soleure, Argovie, Saint-Gall et Zurich [85].

Plusieurs cantons (Berne, Lucerne, Uri, Schwytz, Jura, Neuchâtel) ont entamé des démarches auprès de l'Office fédéral des transports et des CFF pour protester contre ces mesures. Par ailleurs, les cantons de Lucerne, Uri, Schwytz et Zoug ainsi que plusieurs organisations de transports ont, dans une résolution commune, exigé le maintien de la ligne Lucerne-Küssnacht-Immensee (SZ) et rejeté toute idée de transfert de ce trafic sur des bus. Le Conseil national a en outre transmis un postulat Jöri (ps, LU) reprenant cette revendication [86].

Face à la contestation des cantons concernés et à la concurrence d'entreprises privées, les CFF ont cependant décidé de ne pas abandonner unilatéralement le trafic régional, mais au contraire de tenter de regagner des parts de marché dans ce secteur. Signe de ce renversement de tendance, ils ont renoncé à supprimer les lignes du lac de Constance (Schaffhouse-Romanshorn (TG)), où ils veulent proposer un projet pour l'exploitation du tronçon, et Lucerne-Küssnacht-Immensee. En outre, la régie a fait part de son intention de revitaliser la ligne Genève-La Plaine (GE) et d'étudier, avec les collectivités publiques, une reprise de la ligne Monthey-Saint-Gingolph (VS) (ligne du Tonkin) par des entreprises de transport régional. Par ailleurs, il a été prévu d'étoffer l'horaire du RER zurichois et de prolonger le RER bernois [87].

Cette nouvelle orientation a également été consacrée par le projet d'horaire 1995-1997 où il n'a été prévu aucune suppression de ligne régionale, même si le trafic combiné rail/bus devrait être développé pour certains trains peu fréquentés. Les cantons d'Uri, Schwytz et du Tessin se sont néanmoins élevés contre la diminution de trains directs entre Arth-Goldau (SZ) et Chiasso (TI) [88].