L'acceptation de l'initiative des Alpes a eu d'importantes conséquences dans le domaine du trafic aérien. L'UE a en effet décidé de reporter toute négociation bilatérale, en particulier en ce qui concerne les transports routier et aérien. Cela a signifié, pour Swissair, une prolongation de la période durant laquelle elle ne saurait profiter de la libéralisation du ciel européen [119]. Face à l'isolement européen de la Suisse et suite à l'échec du projet Alcazar en 1993, Swissair a entrepris une politique de collaboration avec d'autres compagnies étrangères que Austrian Airlines (A), notamment la Sabena (B), tout en renforçant sa position au sein de Crossair [120].

Par ailleurs, le Conseil national a rejeté un postulat Moser (pdl, AG) demandant au Conseil fédéral d'examiner si les actions de Swissair détenues par la Confédération et les cantons devaient être vendues sur le marché libre [121].