Das Parlament nahm Kenntnis vom neuen Leitbild für die Arbeit und Organisation der Geschäftsprüfungskommissionen beider Räte [45].

Der Bundesrat äusserte sich zum Vorschlag, wonach Ermittlungen einer PUK absoluten Vorrang vor anderen Untersuchungen haben sollen und letztere nur mit dem Einverständnis der PUK eröffnet werden dürfen. Er war grundsätzlich damit einverstanden, beantragte aber, dass dies nur für disziplinar- und administrativrechtliche, aus Gründen der Gewaltenteilung und des Föderalismus aber nicht für strafrechtliche Verfahren gelten soll [46]. Der Nationalrat liess sich davon nicht überzeugen und übernahm die Anträge seiner Kommission. Er hielt zwar explizit fest, dass die Einsetzung einer PUK die Durchführung von zivil- und administrativrechtlichen Verfahren und strafrechtlichen Voruntersuchungen nicht verhindert. Aber, falls die Ermittlungen PUK-relevante Bereiche betreffen, ist deren Aufnahme von der Zustimmung der PUK abhängig. Laufende Verfahren müssen bis zum Abschluss der PUK-Arbeiten unterbrochen werden [47].

Der Ständerat folgte weitgehend der Version der grossen Kammer. Im Gegensatz zu dieser entschied er jedoch, dass eine PUK nach Abschluss ihrer Arbeit zwar unter bestimmten Umständen die Wiederaufnahme einer disziplinarischen oder administrativen, nicht aber einer strafrechtlichen Untersuchung untersagen kann. Für die Befürworter einer umfassenden Ermächtigung wäre diese Zusicherung des Schutzes vor weiteren Verfahren ein gutes Mittel gewesen, um die Aufklärungsarbeit einer PUK zu erleichtern. Nachdem der Nationalrat in dieser Frage nachgegeben hatte, konnten die neuen Bestimmungen in der Herbstsession verabschiedet werden [48].

Die Staatspolitische Kommission des Nationalrats legte eine parlamentarische Initiative für eine verbesserte Rechtsstellung der von Ermittlungen einer PUK Betroffenen vor. Im Geschäftsverkehrsgesetz soll insbesondere festgehalten werden, dass Auskunftspersonen einen Anwalt beiziehen dürfen und auf ihr Aussageverweigerungsrecht aufmerksam gemacht werden müssen [49]. Der Bundesrat erklärte sich zwar mit der Stossrichtung des Vorschlags grundsätzlich einverstanden, hatte aber doch einige Bedenken. So hielt er fest, dass eine PUK-Untersuchung immer auf eine politische und nicht eine juristische Abklärung von Missständen ausgerichtet sein müsse. Dem Schutz der Rechte der Betroffenen komme deshalb eine geringere Bedeutung zu als bei einem Justizverfahren. So sei z.B. Bundesbeamten, die zur Erfüllung ihrer Dienstpflichten befragt würden, kein Recht auf Aussageverweigerung zuzugestehen [50]. Die Staatspolitische Kommission nahm daraufhin einige Präzisierungen vor, welche insbesondere festhalten, dass der Rechtsschutz von Betroffenen den Handlungsspielraum einer PUK nicht wesentlich einengen und den Zweck einer Untersuchung nicht beeinträchtigen dürfe. So soll die PUK über den Beizug eines Anwalts entscheiden können. Diese Präzisierung fand im Nationalrat Zustimmung; abgelehnt wurde hingegen die vorgeschlagene Einschränkung der Verteidigungsrechte namentlich in bezug auf Akteneinsicht [51].