L'Office fédéral vétérinaire (OFV) a mis en consultation la révision de l'ordonnance d'application de la loi sur la protection des animaux. Le projet prévoit plusieurs améliorations dans le domaine des conditions de détention des animaux, de leur transport, ou encore de l'entretien des animaux domestiques. Ainsi par exemple, les producteurs ne pourront désormais plus élever les veaux de plus de deux semaines ainsi que les truies d'élevage dans des boxes isolant ces animaux les uns des autres, mais devront leur permettre de vivre avec leurs congénères. L'anesthésie lors de la castration des porcs devra également être pratiquée plus systématiquement. Enfin, il sera interdit de couper les queues des chiens et des porcelets. Les associations de protection des animaux, tout en reconnaissant que les propositions de l'OFV apportaient de sensibles améliorations, ont estimé cependant que les besoins fondamentaux des animaux en matière de liberté de mouvement, de lumière naturelle et de contact social n'étaient que trop peu pris en compte. Elles ont notamment regretté que le projet prévoie uniquement pour les futures porcheries et non pour celles déjà existantes l'interdiction du caillebotis intégral (système auto-nettoyant de rainures parcourant le sol des étables), soulignant que ce système était très cruel pour les animaux. Ces mêmes associations ont par ailleurs déposé une pétition reprenant leurs principales revendications. Pour leur part, l'USP, l'UDC et le PDC ont estimé que les mesures envisagées allaient beaucoup trop loin et qu'en plaçant les exigences à un niveau nettement plus élevé que celui en vigueur dans l'UE, on mettait en danger la compétitivité des paysans helvétiques. Pour garantir cette dernière, ces acteurs ont plaidé pour une politique basée davantage sur des incitations que sur des interdictions [62].

En prévision de la réapparition probable sur le territoire suisse du loup et de l'ours, le DFI a mis en consultation un projet de révision de l'ordonnance sur la chasse qui doit permettre l'indemnisation des dommages que pourraient causer ces deux espèces aux cultures et aux animaux de rente. Le DFI a souligné que la réapparition de ces deux animaux ne sera acceptée par le monde agricole que si les pouvoirs publics indemnisent ces derniers en cas de dommages, comme l'avaient montré les expériences faites lors de la réintroduction du lynx [63].

Le Conseil national a adopté un postulat Meier (pe, ZH) ainsi qu'un postulat Ziegler (ps, GE), tous deux relatifs à la protection des animaux lors des transports et de l'abattage des animaux de boucherie. Plus précisément, le premier invite le gouvernement à inscrire dans les dispositions d'exécution de la loi sur les denrées alimentaires l'obligation de soumettre à un contrôle les abattoirs y compris sous l'angle de la protection des animaux. Quant au second, il demande au Conseil fédéral de mettre sur pied une convention européenne visant à interdire le transport d'animaux destinés à l'abattoir dans des conditions intolérables. Tenant à faire part de considérations similaires, le Conseil des Etats a transmis un postulat Onken (ps, TG) enjoignant le gouvernement de promouvoir la formation et le perfectionnement des transporteurs d'animaux et du personnel d'abattoir, de instaurer un certificat de capacité pour les transporteurs d'animaux ainsi que d'évaluer périodiquement leurs qualifications [64].

Le parlement a pris connaissance de plusieurs pétitions demandant des mesures visant à améliorer la protection des animaux. Celles-ci portent sur l'interdiction du transport d'animaux vivants par la poste et de l'abattage rituel des volailles, sur des mesures garantissant un transport décent des animaux conduits à l'abattoir, ainsi que sur l'interdiction d'élever et d'importer des animaux de combat. Estimant souvent leur contenu extrémiste ou alors en voie d'être satisfait par le biais de la révision de l'ordonnance d'application de la loi sur la protection des animaux, le parlement a néanmoins décidé de transmettre ces pétitions au gouvernement afin qu'il en prenne acte [65].