Selon les comptes 1995 des CFF, le déficit de la régie fédérale a augmenté de 150% par rapport à 1994 passant de 198 millions à 496 millions de francs (produits: 6,24 milliards de francs; charges: 6,74 milliards). Ce déficit record est, entre autres, le résultat de la baisse du trafic de voyageurs, dont les recettes (1,58 milliard de francs) ont chuté de 7,3%, et de celle du trafic de marchandises dont le chiffre d'affaires (1,03 milliard) a reculé de 8%. Les CFF ont expliqué ces chiffres catastrophiques, en ce qui concerne le trafic de voyageurs, par l'introduction de la TVA ainsi que les difficultés du secteur touristique, et, en ce qui concerne le trafic de marchandises, par la cessation du trafic de détail Cargo domicile. L'apport financier de la Confédération et des cantons a augmenté de 13,3% pour atteindre 2,75 milliards [66].

En dépit de multiples efforts d'économies, les CFF n'ont pas pu présenter un budget 1996 équilibré. Celui-ci prévoit un déficit de 263 millions de francs (produits: 6,498 milliards; charges: 6,761 milliards). L'apport de la Confédération devrait cependant diminuer de 4,3%, passant de 2,582 milliards de francs à 2,432 milliards. Cette baisse s'explique par la participation accrue des cantons aux coûts non couverts du trafic régional, conformément à la révision cette année de la loi sur les chemins de fer. Comme par le passé, les CFF ne seront pas en mesure de fournir une contribution d'infrastructure. Le parlement a facilement approuvé ce budget. Le Conseil national a notamment rejeté une proposition du PDL demandant de renvoyer ce budget au Conseil fédéral [67].