Auch die Grünen nahmen nach ihren massiven Sitzverlusten bei den Wahlen 95 eine Standortbestimmung vor. Dabei plädierte Parteipräsident Hanspeter Thür für eine frechere und provokativere Interpretation der Oppositionsrolle, die mit dem eingeschlagenen Kurs von der Protest- zur Reformpartei vereinbar sei. Meinungsunterschiede zum Thema Europa blieben aber deutlich [33].

Im Mai kam die Tandem-Initiative der Grünen, nachdem sie an Finanznot zu scheitern drohte, doch noch zustande. Es handelt sich um die ersten eidgenössischen Volksbegehren, welche die Grünen realisierten. Die Doppelinitiative strebt ein flexibles Rentenalter ab 62 für Mann und Frau an und will die dadurch entstehenden Kosten mit einer Steuer auf nicht erneuerbare Energien auffangen [34].

Die Grünen verabschiedeten ein von der Luzerner Nationalrätin Cécile Bühlmann ausgearbeitetes Positionspapier zur Ausländerpolitik, in dem sie die Personenfreizügigkeit innerhalb der EU und den Verzicht auf das "rassistische" Dreikreisemodell forderten. Als Ersatz schlugen sie ein Einwanderungsgesetz vor, das den Zugang für Fremde in die Schweiz regelt und erleichtert. Bis zur Verabschiedung des Gesetzes solle eine paritätische Kommission entscheiden, wieviele Personen aus Nicht-EU-Staaten aufgenommen werden sollen. Weiter forderte die Partei ein erleichtertes Einbürgerungsverfahren, das einen Rechtsanspruch auf Einbürgerung beeinhaltet, die Abschaffung der Zwangsmassnahmen, einen zivilstandsunabhängigen Aufenthaltsstatus für Frauen und eine Integrationspolitik, die den Eingewanderten gleichberechtigten Zugang zu allen gesellschaftlichen Bereichen sichert [35].

An einer Delegiertenversammlung zur Verkehrspolitik im Mai lehnten die Grünen jede Lockerung der 28-Tonnen-Limite für den Schwerverkehr als Zugeständnis in den bilateralen Verhandlungen mit der EU ab. Ein Antrag der Zürcher Sektion für eine ausdrückliche Referendumsdrohung bei einer Aufweichung der 28-Tonnen-Limite kam knapp durch. Weiter sprachen sich die Grünen dafür aus, eine leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe zur Finanzierung der Neat einzuführen [36].

Im Hinblick auf die anstehende Revision des Gesetzes über die berufliche Vorsorge (BVG) forderte die GPS einen Umbau der zweiten Säule. Sie will den Koordinationsabzug abschaffen, der die Einkommenslimite festlegt, ab der die zweite Säule obligatorisch ist, und der Personen mit kleinem Einkommen benachteiligt. Gleichzeitig soll das Steuerprivileg für die überobligatorische Altersvorsorge begrenzt werden. Die Partei schlug weiter vor, ein Prozent der Pensionsgelder künftig in einen Fonds einzuzahlen, aus dem Risikokapital für kleinere und mittlere Unternehmen bereitgestellt wird. Die Pensionskasse soll zudem neu frei wählbar sein, um es den Versicherten zu erlauben, jene Kasse zu wählen, welche die Gelder nach sozialen und ökologischen Kriterien investiert [37].

Mit einer Statutenrevision schrieb die GPS für den Vorstand eine Mindestquote beider Geschlechter von 40% vor [38].

Bei den kantonalen Wahlen büsste die GPS in sechs Kantonen insgesamt drei Parlamentssitze ein. Zählt man die Sitzgewinne von grünen Gruppierungen mit GPS-Beobachterstatus hinzu, konnte sie per saldo aber 15 Mandate zulegen. Dabei fallen insbesondere die zehn Sitze von "BastA", die in Basel-Stadt erstmals antraten, ins Gewicht.