Der föderalistische Charakter des Justizsystems, welches dem Bund nur bei wenigen Delikten (im wesentlichen Drogenhandel, Geldfälschung und Sprengstoffanschläge) eigene Ermittlungsbefugnisse zugesteht, erweist sich oft als Hindernis für eine wirksame Bekämpfung des organisierten Verbrechens. Bundesrat Koller gab deshalb im Frühjahr eine Teilrevision des Strafgesetzbuchs in die Vernehmlassung, welche der Bundesanwaltschaft bei kantons- oder grenzübergreifenden sowie bei komplizierten Fällen mehr Kompetenzen bei der Ermittlung einräumen möchte. Dieser Vorschlag wurde mehrheitlich als zu wenig weit gehend beurteilt. Unbestritten war die Kompetenz der Bundesbehörden, namentlich in den Bereichen der Geldwäscherei und des organisierten Verbrechens Voruntersuchungen durchzuführen. Als ineffizient und zu kompliziert wurde hingegen kritisiert, dass danach die gerichtliche Untersuchung wieder an die Kantone delegiert würde, und nicht die Bundesanwaltschaft die Anklage vor den Gerichten vertreten kann. Die Konferenz der Strafverfolgungsbehörden der Schweiz schlug vor, die Bundesanwaltschaft zu einer Untersuchungsbehörde für bedeutende und grenzüberschreitende Verbrechen auszubauen und sie als Anklägerin vor einem neuzuschaffenden erstinstanzlichen Bundesstrafgericht antreten zu lassen. Als längerfristige Lösung wurde diese Idee auch von der Konferenz der kantonalen Justiz- und Polizeidirektoren unterstützt. Kurzfristig möchten diese, dass die Bundesanwaltschaft in aussergewöhnlichen Fällen subsidiäre Ermittlungskompetenz erhält und vor den kantonalen Gerichten als Anklägerin auftreten darf [34].

Der im Vorjahr in die Vernehmlassung gegebene Vorentwurf für ein Gesetz über den Einsatz von verdeckten Ermittlern bei der Polizei gab bei den Kantonen und den bürgerlichen Parteien zu wenig Kritik Anlass. Die SP und der Schweizerische Anwaltsverband lehnten das neue Gesetz hingegen ab; erstere, weil die Verfassung dem Bund keine entsprechenden Kompetenzen einräume, letzterer, weil die Arbeit von verdeckten Ermittlern gegen rechtsstaatliche Prinzipien verstossen würde. Trotz dieser grundsätzlichen Kritik beauftragte der Bundesrat das EJPD mit der Ausarbeitung einer entsprechenden Vorlage [35]. Als zusätzliche Massnahme vor allem im Kampf gegen das organisierte Verbrechen forderte Bundesanwältin Del Ponte wiederholt die Einführung einer Kronzeugenregelung nach italienischem oder deutschem Vorbild, welche aussagewilligen Delinquenten Strafmilderung oder -verschonung zusichert [36].