Instaurée en 1994 suite au génocide perpétré au Ruanda en avril de la même année, la Commission Voyame chargée de faire la lumière sur les activités menées par la coopération suisse dans ce pays durant une trentaine d'années a rendu son rapport. Selon ce document, les 300 millions de francs que la Suisse y a investis ont été utilisés à bon escient. A ce bilan globalement positif des effets de la coopération suisse au Ruanda sont néanmoins venues s'ajouter certaines critiques au titre desquelles figurent au premier plan les relations par trop étroites entre le président Habyarimana et son conseiller économique et financier, le Suisse Charles Jeanneret. Par ailleurs les quatre auteurs du rapport ont déploré l'absence de représentation diplomatique à Kigali, où Berne n'entretenait pas même un chargé d'affaires: bien que l'ampleur du génocide ne fût pas prévisible, les experts ont estimé que la présence d'un représentant suisse sur place aurait permis à la Confédération d'être mieux renseignée, ce qui aurait pu l'amener à proposer une médiation. Au terme de son rapport, la Commission Voyame a plaidé pour une reprise prudente de la coopération avec le Ruanda, déclarant que la plupart des projets qui ont été suspendus pourraient être réactivés sans difficulté majeure [64].