L'initiative "paysans et consommateurs" ayant été retirée par ses auteurs, le peuple et les cantons étaient appelés à se prononcer au mois de juin sur le seul contre-projet élaboré par le parlement. A la différence de l'article refusé en 1995, le texte soumis à l'approbation populaire proposait notamment d'inscrire dans la Constitution le principe selon lequel les paiements directs ne devraient être versés à l'avenir que sous condition du respect d'exigences écologiques minimales (production intégrée). Le contre-projet mentionnait également que la Confédération pourrait édicter des prescriptions en matière de provenance, de qualité et de méthodes de production des denrées alimentaires. Enfin, l'article élaboré par le parlement prévoyait l'interdiction de l'utilisation abusive d'éléments fertilisants et autres produits chimiques.

Le souverain a accepté très largement le contre-projet avec près de 77,6% de oui et l'unanimité des cantons. Parmi ces derniers, les cantons des Grisons, Genève, Bâle et Zurich ont été les plus favorables au nouvel article. L'accueil le moins enthousiaste est provenu des cantons de Schwytz, Valais et Vaud, même si, dans ces cantons également, plus des deux tiers des votants se sont exprimés positivement [2].

Lors de la campagne, les partisans du contre-projet - à savoir la quasi-totalité des partis, les associations paysannes, écologistes et économiques - ont souligné que le texte proposé fournissait une base constitutionnelle aux réformes entreprises dans le secteur agricole vers plus de marché et d'écologie. Ils ont également relevé que cet article prenait mieux en compte les préoccupations de la population en matière de protection de l'environnement et d'information du consommateur que ne le faisait celui rejeté l'an dernier. Les associations paysannes ont quant à elles argué, à l'égard de leur base, que si le texte prévoyait le versement des seuls paiements directs écologiques, le Conseil fédéral s'était engagé à respecter un moratoire de cinq ans pendant lequel les paiements directs complémentaires continueront à être versés. Les leaders paysans ont également souligné que l'adoption de cet article permettrait de barrer la route à l'initiative beaucoup plus extrémiste de l'Association alémanique des petits et moyens paysans (VKMB) "pour des produits alimentaires bon marché et des exploitations agricoles écologiques" [3].

Pour les opposants - principalement le parti de la liberté et la Chambre vaudoise de l'agriculture - le contre-projet relevait au contraire d'un fondamentalisme écologiste inacceptable qui allait bien au-delà des préoccupations des citoyens en matière de protection de l'environnement. L'article soumis à l'approbation des citoyens poursuivait de plus des buts contradictoires, l'importante réglementation administrative ainsi que l'augmentation des coûts impliquées par l'écologisation de la production étant contraires à la volonté de rapprocher l'agriculture de l'économie de marché. Enfin, il était irréaliste de vouloir convertir l'ensemble du secteur primaire à un mode de production écologique, la demande pour des produits respectueux de l'environnement n'étant pas suffisante pour en assurer l'écoulement.

L'analyse Vox a révélé pour sa part que le comportement de vote des partisans avait été motivé avant tout par des préoccupations écologistes. Dans le camp des opposants, ce seraient avant tout des motivations d'ordre financier qui expliqueraient le refus. Par ailleurs, il semble que les électeurs appartenant à la gauche de l'échiquier politique aient été plus favorables au contre-projet du parlement. En revanche, on ne saurait percevoir de différences notoires selon les caractéristiques socio-démographiques entre opposants et partisans du nouvel article [5].