Ayant pour la première fois à se prononcer sur l'importation d'un végétal modifié génétiquement, l'Office fédéral de la santé publique (OFSP) a autorisé l'importation du soja transgénique produit par un consortium américain. A la différence de l'autorisation sans condition de la Commission européenne, l'OFSP a exigé que les produits contenant le soja transgénique soient déclarés comme tels. Seuls les produits (tels que l'huile de soja) qui auront été épurés de tout matériel génétique modifié ainsi que la viande de boucherie provenant d'animaux nourris à l'aide de soja transgénique échapperont à la déclaration. L'office compétent a souligné que ce soja - conçu par le consortium américain pour résister à l'utilisation d'un herbicide - ne présentait de risque ni pour la santé des êtres vivants ni pour l'environnement. Les autorités ont également relevé que la mention OGM (organisme génétiquement modifié) figurant sur les produits concernés devrait permettre au consommateur de choisir en toute connaissance de cause.

La décision de l'OFSP n'a pas manqué de susciter des réactions contrastées. Ainsi, du côté des importateurs et des gros distributeurs, l'autorisation fut accueillie très positivement. Les milieux économiques ont notamment souligné qu'une décision contraire aurait signifié l'interdiction d'importation de l'ensemble du soja américain - la production transgénique étant mélangée à celle normale - et aurait eu de graves conséquences pour l'économie helvétique étant donné l'importance de la production américaine (55% de l'ensemble de la consommation intérieure de soja). A l'inverse, les associations de protection de la nature et de défense du consommateur ont dénoncé, de concert avec l'UPS et le VKMB, la "capitulation des autorités devant les pressions exercées par les milieux économiques". Annonçant par ailleurs qu'elles feraient recours contre la décision de l'OFSP, ces associations ont relevé que le soja modifié génétiquement pouvait causer des allergies à l'être humain ainsi que bouleverser les équilibres naturels, le gène modifié étant susceptible de se transmettre à d'autres végétaux. A ces affirmations, l'OFSP a rétorqué que de nombreuses études avaient montré que le caractère allergène du soja modifié n'était nullement supérieur à celui du soja normal. Au sujet du danger de voir le gène transmis à d'autres organismes, l'OFSP a souligné que la probabilité d'un tel événement était nulle dans la mesure où seule l'importation de cette variété de soja - et non la culture - avait été autorisée.