Als Zweitrat hatte der Nationalrat über die Revision des Mineralölsteuergesetzes (MinöStG) zu entscheiden, mit welcher die bisherigen Fiskalzölle auf Mineralölen und Treibstoffen im Ausmass von rund 4,5 Mia Fr. ertragsneutral in interne Verbrauchssteuern umgewandelt werden. Die neue Steuer wird die bisherigen Einfuhrzölle ablösen, die die Schweiz gemäss den Bestimmungen des Gatt/WTO-Abkommens ab Januar 1997 nicht mehr erheben darf. Umstritten war in der Beratung insbesondere das Privileg des einzigen Zollfreigebietes der Schweiz, Samnaun (GR), das der Bundesrat nach einer Übergangsfrist abschaffen wollte. Der Nationalrat folgte aber, entgegen dem Antrag seiner WAK, mit 85:81 Stimmen knapp dem Ständerat und verschont Samnaun damit definitiv vor der Mineralölsteuer. Dem Bund entgehen so Zolleinnahmen von jährlich zwischen sechs und 20 Mio Fr. Auf verlorenem Posten kämpfte Bundesrat Villiger auch in der Frage der Indexierung der Mineralölsteuer. Der Nationalrat folgte ebenfalls dem Ständerat und verweigerte dem Bundesrat die Kompetenz, die Mineralölsteuer nach einer Teuerung von 7% anzupassen. Zusätzlich nahm der Nationalrat eine Steuerbefreiung von Treibstoffen für vom Bund konzessionierte Transportunternehmungen (KTU) auf. Eine weitere Differenz schuf der Nationalrat, indem er die vom Ständerat beschlossene generelle Steuerbefreiung für Treibstoffe aus erneuerbaren pflanzlichen Energieträgern und Biomasse, die Einnahmenausfälle von über 100 Mio Fr. zur Folge hätte, strich. Der Ständerat schränkte in zweiter Lesung auf einen Antrag Seiler (svp, SH) hin ein, dass Bio-Treibstoffe nur steuerfrei sein sollen, wenn sie für Dieselmotoren der Land- oder Forstwirtschaft oder der Fischerei bestimmt sind. Der Nationalrat lehnte aber auch diese Bestimmung ab und blieb dabei, die Befreiung auf Pilot- und Versuchsanlagen zu beschränken. Der Ständerat gab schliesslich nach. Bei der Frage der Privilegierung der KTU fügte der Ständerat die Bestimmung ein, dass die Steuerbefreiung "ganz oder teilweise" erfolgen kann. Der Nationalrat war mit dieser Abschwächung einverstanden [19].

Ebenfalls im Rahmen der Gatt/WTO-Verpflichtung, bis Januar 1997 Einfuhrzölle in interne Abgaben umzuwandeln, kam eine Revision des Automobilsteuergesetzes (AStG) vor das Parlament. Als Erstrat beriet der Ständerat das Gesetz und folgte einstimmig dem Entwurf des Bundesrates, der einen Einheitssteuersatz von 4% vorsieht, um die Haushaltneutralität zu gewährleisten. Dem Nationalrat ging diese Anpassung zuwenig weit. Eine Mehrheit bestehend aus den Fraktionen der CVP, SP, Grünen und LdU/EVP baute zwei ökologische Lenkungselemente ein und beschloss, dass der Bundesrat den Steuersatz verbrauchsabhängig differenzieren kann. Anstelle des Einheitssatzes von 4% sollte die Steuer verbrauchsarmer Fahrzeuge auf bis zu 2% reduziert werden, während benzinfressende Wagen mit bis zu 6% hätten besteuert werden können. Weiter nahm der Nationalrat mit 93:56 Stimmen die Elektromobile ganz von der Steuer aus. In der Differenzbereinigung schwenkte er aber auf den vom Bundesrat vorgeschlagenen und vom Ständerat angenommenen Einheitssatz ein, da der administrative Aufwand beträchtlich gewesen wäre. Bezüglich der Elektromobile gab er sich mit einer Kann-Formulierung zufrieden [20].

Eine Expertenkommission des Bundes prüfte die Einführung einer allgemeinen Alkoholsteuer, die nebst den gebrannten Wassern und dem Bier neu auch den Wein erfassen soll. Bund und Kantone sollen die Alkoholsteuer dabei so erheben, dass mit den Erträgen die sozialen Kosten des Alkoholkonsums besser gedeckt werden können. Der Bundesrat leitete den Bericht der Kommission zur weiteren Prüfung an das EFD weiter [21].