En début d'année, les négociations bilatérales entre l'Union européenne et la Suisse sur les questions relatives aux transports se trouvant dans une impasse du fait notamment de l'exigence européenne de voir la limite des 28 tonnes tomber progressivement, le Conseil fédéral a tenté de relancer les tractations par de nouvelles propositions allant timidement dans le sens désiré par les Quinze. A l'instar de l'approche suggérée dans le domaine de la libre circulation des personnes, le gouvernement a proposé une stratégie en deux phases permettant de conclure immédiatement un accord sur les points de convergence. Dans un premier temps (1999) et dans le but de satisfaire l'exigence européenne d'autoriser l'accès aux grandes villes du Plateau suisse, le Conseil fédéral entendait notamment procéder à un élargissement des zones frontalières où les 40 tonnes peuvent déjà circuler. Lors d'une deuxième étape, la question de la levée définitive de la limite de 28 tonnes devait être abordée dans le cadre d'un nouveau round de négociation, l'abandon éventuel de cette mesure pouvant intervenir au plus tôt après 2005, une fois les instruments fiscaux de l'initiative des Alpes mis en place [5].

Prenant acte que la question des 40 tonnes ne constituait plus un tabou pour le gouvernement helvétique, les ministres des transports des Quinze ont néanmoins fait savoir que les nouvelles propositions helvétiques étaient nettement insuffisantes. En premier lieu, il fut relevé que si une stratégie en deux phases pouvait avoir l'assentiment des Etats membres, celle proposée par l'exécutif helvétique était cependant beaucoup trop floue et insuffisamment contraignante pour la Confédération, l'abolition de l'interdiction des 40 tonnes n'étant qu'évoquée par les autorités helvétiques. Selon les ministres des transports européens, la Confédération ne pouvait espérer aboutir à un accord - et notamment obtenir des concessions sur la question du trafic aérien - que si elle s'engageait d'ores et déjà à lever complètement la limite des 28 tonnes au plus tard en 2005. Au sujet de l'élargissement dès 1999 des zones frontalières, les Quinze ont également souligné que cette mesure était loin de satisfaire leur requête quant à la possibilité pour les 40 tonnes européens d'avoir accès aux villes du Plateau suisse. Enfin, ni l'exigence concernant la levée de l'interdiction de circuler la nuit et le dimanche, ni celle portant sur un accroissement des possibilités de transiter par la Suisse n'étaient véritablement prises en compte par les nouvelles propositions helvétiques [6].

Conscient de la détermination de l'UE sur la question des 28 tonnes, le Conseil fédéral a révisé le mandat de négociations de ses représentants, à la suite d'une large consultation intérieure avec les partis et les principaux milieux concernés. A la différence des propositions précédentes, le nouveau mandat prévoit explicitement d'abolir la limite des 28 tonnes. Plus précisément, cette limite devrait être dès 2001 rehaussée à 34 tonnes, puis en 2005 totalement abandonnée, la Suisse reprenant alors la législation européenne en matière de tonnage. Parallèlement, pour respecter les exigences de l'initiative des Alpes, des mesures fiscales - principalement la taxe poids lourd liée aux prestations et la redevance alpine - seraient progressivement introduites afin de réaliser le transfert du trafic de la route au rail (2001: taxe poids lourd; 2005: taxe sur le transit alpin). Le montant de ces nouvelles taxes devrait être harmonisé avec celui en vigueur en Europe afin d'éviter tout effet de contournement du trafic aux dépens de l'Autriche et de la France. Cependant, une clause de sauvegarde devrait permettre à la Confédération de prélever des taxes suffisamment élevées au plus tard en 2005, ce même dans l'hypothèse où l'UE n'aurait pu adapter sa fiscalité routière au principe de la vérité des coûts. En ce qui concerne l'accès immédiat au Plateau pour les 40 tonnes européens, le Conseil fédéral a en revanche refusé d'aller dans le sens désiré par les Quinze, estimant notamment impossible de s'assurer que les poids lourds de ce gabarit se limitent bel et bien aux seules grandes villes helvétiques [7].

Réunis à nouveau au mois de juin à Luxembourg, les ministres des transports ont accueilli avec une grande satisfaction l'engagement ferme et précis des autorités helvétiques sur la question des 40 tonnes, regrettant toutefois que ces dernières se montrent si intransigeantes sur la question plus particulière du libre accès aux villes du Plateau. Tout autre en revanche fut le ton adopté par l'UE au sujet des propositions faites en matière de fiscalité routière, les Etats membres estimant inacceptables les nouvelles taxes envisagées par la Suisse. De nombreux pays (Allemagne, Italie, et Hollande), peu enclins à réaliser le principe de la vérité des coûts, ont souligné que la contrepartie fiscale exigée par la Confédération impliquerait un renchérissement très important du trafic routier. Plus favorables à une fiscalité visant à internaliser les coûts du trafic routier, la France et l'Autriche ont pour leur part relevé que l'introduction non concertée de telles mesures aurait pour conséquence un accroissement ultérieur du trafic sur leurs axes nationaux respectifs d'ores et déjà surchargés. Première concernée par la politique de la Confédération en la matière, l'Autriche a notamment précisé qu'elle s'opposerait fermement à toute concession faite à la Suisse sur cette question tant que l'UE lui interdirait de prendre des mesures similaires [8].

Alors que la situation semblait passablement bloquée, la réunion des ministres des Quinze du mois de décembre a redonné quelques espoirs aux négociateurs, le commissaire européen en charge des transports N. Kinnock - plus réceptif à la politique helvétique - enjoignant les Etats-membres de ne pas laisser s'enliser le dossier. En effet, sur proposition de l'ancien chef des travaillistes britanniques, les ministres des transports ont donné leur accord à un certain nombre de points-clés susceptibles de relancer les tractations. En premier lieu, les ministres des Quinze ont approuvé le principe selon lequel la Suisse est en droit de substituer à la limite des 28 tonnes des mesures fiscales susceptibles de promouvoir le transfert du trafic routier sur le rail. Cette nouvelle taxation ne devra cependant pas dépasser un certain plafond, qui devra être déterminé au sein du futur accord. De plus, afin d'éviter que le trafic ne se déverse encore plus sur l'axe du Brenner (A), les redevances que percevra la Suisse ne pourront être supérieures à celles prélevées par les autorités autrichiennes. En second lieu, les ministres des transports ont donné leur aval à l'idée selon laquelle les deux parties pourront toutes deux bénéficier d'une clause de sauvegarde: si la Suisse pourra élever le montant de ses redevances au cas où ses objectifs de transfert du trafic de la route au rail ne devaient pas être atteints, l'UE pourra de son côté exiger la baisse des taxes helvétiques au cas où la construction des NLFA ne se faisait pas dans les délais convenus. Enfin, les ministres européens ont fait leur la proposition de la Commission de créer, dès l'entrée en vigueur de l'accord, un corridor contingenté à travers les Alpes. Ce corridor - qui permettrait à un nombre encore indéterminé de camions de 40 tonnes de traverser le territoire suisse - servirait à atténuer les craintes de l'Italie et de la Grèce d'être coupées du reste de l'Europe par la barrière fiscale helvétique [9].

En fin d'année, le dossier des transports a connu un dernier rebondissement, sur le plan de la politique intérieure cette fois-ci. Le président du PS, P. Bodenmann, a en effet été accusé par la presse et les partis bourgeois de vouloir saboter la nouvelle offre faite par le gouvernement: le conseiller national haut-valaisan aurait téléphoné à une proche collaboratrice du ministre des transports autrichien - quelques jours avant l'entretien que ce dernier devait avoir avec M. Leuenberger - pour lui dire tout le mal qu'il pensait de la proposition helvétique concernant la limite de tonnage. P. Bodenmann l'aurait plus particulièrement incitée à refuser l'offre de la Suisse et à demander, en lieu et place, la levée totale dès 1999 - et non plus progressive dès 2001 - de la limite des 28 tonnes. Selon le président socialiste, la Confédération était tout à fait en mesure de transférer sur le rail - moyennant une introduction anticipée de la taxe poids lourd kilométrique et quelques travaux d'aménagement au Lötschberg - les nombreux camions qui ne manqueraient pas d'affluer sur les axes de transit helvétiques, déchargeant ainsi les routes autrichiennes. Le chef du DFTCE - qui n'a pris connaissance de l'entretien téléphonique de son camarade de parti que lors de la rencontre avec le ministre autrichien - a vivement réagi, accusant P. Bodenmann de "lui tirer dans le dos" et de ne pas respecter les rôles respectifs de chacun [10].