Wie bereits in der kleinen Kammer war das Eintreten auf das neue Bundesgesetz über Waffen, Waffenzubehör und Munition auch im Nationalrat nicht umstritten. Der Antrag der Kommissionsmehrheit, auf die vom Ständerat aufgenommene Vorschrift eines Waffenerwerbsscheins für Geschäfte unter Privatpersonen (mit einer Ausnahmeregelung für Jäger und Schützen) zu verzichten, setzte sich gegen den Widerstand der SP und der GP durch. Für alle derartigen Handänderungen (auch unter Jägern und Schützen) wurde beschlossen, dass ein detaillierter Erwerbsvertrag ausgefertigt werden muss, der vom Käufer und vom Verkäufer während zehn Jahren aufzubewahren ist. Die Ratslinke unterlag ebenfalls mit ihrem Antrag, auch täuschend ähnliche Waffennachbildungen, wie sie nicht selten bei Überfällen verwendet werden, dem Gesetz zu unterstellen. Bei den Voraussetzungen für die Ausstellung eines Waffentragscheins (von dem Jäger und Sportschützen bei der Ausübung ihrer Tätigkeit ausgenommen sind) hielt der Rat mit 101 zu 77 aus der FDP, der SVP, der LP und der FP kommenden Stimmen an einem Bedarfsnachweis fest. Aus diesen Kreisen kamen denn auch die Gegenstimmen bei der Gesamtabstimmung (113:53 bei 4 Enthaltungen).

In der Differenzbereinigung ging der Ständerat nochmals auf die Wünsche der Jäger und Schützen ein und nahm Repetiergewehre, welche diese üblicherweise für ihre Aktivitäten verwenden (z.B. Karabiner) in die Liste der Waffen auf, die ohne Waffenerwerbsschein gekauft werden können. Für welche Repetiergewehre diese Ausnahmeregelung gilt, wird vom Bundesrat festgelegt. Mit dem Argument, dass das neue Waffengesetz jetzt rasch in Kraft gesetzt werden soll, gab der Nationalrat in dieser Frage gegen den Protest der Linken nach. Zuhanden der Materialien hatte Bundesrat Koller dazu ausdrücklich festgehalten, dass er die von Kriminellen benutzte Repetiergewehre (wie z.B. sog. pump-action guns) sicher nicht in diese Kategorie von frei käuflichen Waffen aufnehmen werde. In den Fragen des Waffenerwerbs unter Privaten und des Bedarfsnachweises schloss sich die kleine Kammer dem Nationalrat an. In der Schlussabstimmung verabschiedete der Ständerat das Waffengesetz einstimmig, der Nationalrat mit 90:56 Stimmen bei 33 Enthaltungen. Die Gegenstimmen und Enthaltungen kamen sowohl von der SP und der GP, denen das Gesetz zuwenig weit ging, als auch von der SVP und den Liberalen, für die es zu restriktiv ausgefallen war [46].

Noch während der Parlamentsberatungen hatte ein vor allem aus Schützen- und Jägerverbänden sowie der Vereinigung Pro Tell gebildetes "Komitee für ein bürgerfreundliches Waffenrecht" in Inseraten angekündigt, dass es das neue Gesetz mit dem Referendum bekämpfen werde, falls die Erwerbsscheinpflicht für Jagd- und Sportrepetiergewehre sowie generell für Handänderungen unter Privaten nicht gestrichen, und der Bedarfsnachweis für das Waffentragen beibehalten würde. Da sich von diesen Forderungen die beiden ersten im Parlament durchsetzten und bei der dritten Ausnahmebestimmungen für Jäger und Schützen beschlossen wurden, musste das Komitee seine Drohung nicht wahrmachen [47].

Das Bundesgericht unterstützte in einem Urteil das 1991 vom Bundesrat verfügte Schusswaffentragverbot für Personen aus dem ehemaligen Jugoslawien. In Zukunft wird der Bundesrat derartige Verbote auf das neue Waffengesetz abstützen können und sich nicht mehr auf die Generalklausel zur Wahrung der Interessen der Schweiz (Art. 102.8 BV) berufen müssen [48].