Donnant suite au complément de la loi sur l'agriculture approuvé l'année précédente par le parlement, le Conseil fédéral a adopté les différentes ordonnances d'application détaillant les conditions minimales à remplir afin qu'un produit puisse bénéficier de dénominations particulières (appellation d'origine contrôlée, labels de qualité, etc.). Concernant plus particulièrement les exigences prévalant lors de l'octroi de l'appellation "bio", le règlement de l'exécutif précise que pour jouir de ce label, le produit concerné devra être composé à 95% d'ingrédients conformes au mode de production biologique [35]. De plus, à l'exception de la viticulture et des cultures fruitières pérennes qui jouiront toutes deux d'une réglementation transitoire jusqu'en 2007, l'appellation ne pourra être accordée à un produit que si l'ensemble de l'exploitation concernée se sera convertie à l'agriculture biologique, conformément à ce qu'avait décidé le parlement en 1996. Exceptions de taille, la production animale (viande, lait, fromages, etc.) ainsi que les produits transformés ne seront pas touchés, du moins dans un premier temps, par les dispositions de l'ordonnance, le label "bio" pouvant être librement utilisé dans ces domaines. Au dire du gouvernement, ce régime d'exception (valable jusqu'en 2001) se justifie, pour les produits transformés, référence faite au temps d'adaptation dont doit disposer l'industrie agro-alimentaire. Concernant la production animale, il s'agit avant tout d'attendre que l'UE adopte dans ce domaine des normes minimales, ce afin d'éviter toute entrave au commerce [36].

Prenant position sur le texte d'application, l'Association suisse des organisations d'agriculture biologique s'est déclarée fortement déçue à plus d'un égard. Selon les partisans d'une agriculture biologique, ne pas comprendre la production d'origine animale dans le champ d'application de l'ordonnance et accorder à de multiples secteurs des régimes transitoires vidaient quasiment de toute leur substance les mesures par ailleurs proposées. N'exprimant pas un avis aussi négatif, la Fondation pour la protection des consommatrices a souligné que cette réglementation était la bienvenue face à la multiplication de labels parfois fallacieux et, par conséquent, susceptibles de fourvoyer le consommateur. Elle a cependant elle aussi regretté l'absence de prescriptions similaires dans le domaine de la production animale [37].