Tout comme le Conseil des Etats en 1996, la Chambre du peuple a entamé en début d'année l'examen de la révision de la loi sur la protection des eaux. Si aucun groupe parlementaire n'a à cette occasion témoigné d'opposition à la consécration du principe du pollueur-payeur en tant que moyen de financement futur des installations de traitement des eaux usées ou d'incinération des déchets ménagers, plusieurs propositions de modification touchant des points davantage techniques du projet ont néanmoins été retenues par les députés du National. Ainsi, la Chambre du peuple a notamment souhaité que la Confédération prenne en charge 70%, et non pas 35%, des coûts des installations permettant d'éliminer l'azote dans les stations d'épuration des eaux usées, dans la mesure où ces équipements servent à respecter des accords internationaux visant à lutter contre la pollution des eaux en dehors de Suisse. Dans l'optique de protéger les eaux souterraines et les eaux de source, le Conseil national a par ailleurs opté pour l'introduction d'un nouvel article aux termes duquel des contributions à la surface - en sus de celles déjà prévues par la politique agricole - auraient pu être versées aux agriculteurs [25].

Après avoir décidé de s'en tenir à sa position initiale s'agissant de la première divergence, la Chambre des cantons adopta en outre une motion en lieu et place de la disposition retenue par le Conseil national concernant l'éventuel versement de subventions à l'agriculture en rapport avec la protection des eaux souterraines. Transmise à son tour par la Chambre basse, cette motion charge le gouvernement d'élaborer une proposition en vue d'une participation financière de la Confédération aux mesures visant à lutter contre le ruissellement de substances liées à l'exploitation des sols. L'ultime divergence qui subsistait encore entre les deux conseils nécessita quant à elle une conférence de conciliation à l'issue de laquelle il fut décidé que la Confédération couvrira à raison de 50% - contre les 35% et 70% retenus initialement par l'une et l'autre des Chambres - les frais rattachés aux installations servant à l'élimination de l'azote [26].

Conformément à ce qui avait été annoncé par la presse en 1996, l'initiative populaire "Pas d'hydravion sur les lacs suisses" - lancée en avril 1995 par la Fondation Helvetia Nostra - a abouti avec 108 060 signatures valables. Peu de temps après, un second événement est venu hypothéquer le projet de mise en service de deux aérodromes pour hydravions sur le lac Léman: Le Conseil fédéral a en effet admis les recours déposés en 1994 par plusieurs organisations de protection de l'environnement. Le dossier a ainsi été renvoyé au DFTCE qui a été chargé de procéder à des études approfondies concernant l'impact de ces aquadromes sur la faune ornithologique avant de rendre une nouvelle décision en la matière [27].

Le gouvernement a obtenu des Chambres fédérales l'autorisation de ratifier la Convention relative à la collecte, au dépôt et à la réception des déchets survenant en navigation rhénane et intérieure. Signé en septembre 1996 par les gouvernements allemand, belge, français, hollandais, luxembourgeois et suisse, cet accord consacre l'interdiction de déverser dans le fleuve certains déchets produits à bord des bateaux ou rattachés à la cargaison. Pour pallier à cette pratique fort nuisible du point de vue de la protection des eaux, la convention impose aux Etats contractants d'installer un réseau suffisamment dense de stations de réception pour les trois catégories de déchets distinguées par le traité. Le financement de la récupération, puis de l'élimination de ces divers types de déchets sera assuré selon le principe du pollueur-payeur. En ce qui concerne la Suisse - pour laquelle le champ d'application de la convention recouvre la portion du Rhin comprise entre Bâle et Rheinfelden -, la mise en oeuvre de l'accord ne nécessitera que peu de dispositifs nouveaux compte tenu de l'infrastructure pré-existante dans les ports rhénans des deux Bâle. C'est à l'unanimité que le parlement a habilité le gouvernement à ratifier cet accord [28].