L'attitude conciliante adoptée en 1996 par les cantons de montagne à l'égard de la Convention alpine a permis une rapide avancée du processus de ratification de cet accord. Réunis à la fin du mois de mars dans le cadre du groupe de travail paritaire Confédération-cantons alpins, les représentants des deux parties ont oeuvré conjointement à la finalisation du message relatif à la convention ainsi qu'à ses cinq protocoles d'application: "aménagement du territoire et développement durable", "agriculture de montagne", "protection de la nature et entretien des paysages", "forêts de montagne" et "tourisme". Après avoir été formellement approuvé par la majorité des exécutifs des cantons alpins à l'occasion d'une conférence qui se tint en mai à Sarnen (OW), le message sur la Convention alpine et sur ses protocoles additionnels a été transmis aux Chambres fédérales au début du mois de septembre. Conformément aux grands principes énoncés à Arosa (GR) en 1996, ce document mentionne à maintes reprises la volonté du Conseil fédéral de tenir compte de façon équilibrée tant de la protection de l'espace alpin que de son exploitation par les populations résidantes lors de la mise en oeuvre de l'accord. Par ailleurs, le message précise que l'application de la convention et de ses cinq protocoles sectoriels ne nécessitera la modification d'aucune loi ou ordonnance en vigueur à l'échelon national, les bases juridiques helvétiques satisfaisant d'ores et déjà à l'ensemble des exigences imposées par le traité. Enfin, les autorités fédérales ont tenu à souligner que la ratification de la convention par la Suisse n'entraînera aucun transfert de compétences entre la Confédération et les cantons concernés qui, au demeurant, seront responsables de son exécution dans une très large mesure. Hormis ces considérations d'ordre général en l'absence desquelles les cantons alpins auraient refusé d'apporter leur soutien à cet accord, le message du Conseil fédéral rappelle que ce traité vise à conserver de manière durable les multiples fonctions de l'espace alpin en tant que cadre de vie, espace naturel à protéger et zone économique. Au vu de la généralité des dispositions consacrées par la convention, cinq protocoles sectoriels ont été conclus par les parties contractantes dans les domaines énoncés ci-dessus. Trois protocoles additionnels relatifs aux transports, à la protection des sols et à l'énergie sont par ailleurs en cours de négociations.

Ces développements dans le sens d'une rapide ratification de la convention par la Suisse ont cependant été subitement stoppés par une décision de la Commission de l'environnement du Conseil national. Par 15 voix contre 10, celle-ci a en effet adopté une proposition recommandant de ne poursuivre l'examen de cet accord qu'une fois que les lois sur l'aménagement du territoire et sur l'énergie seront entrées en vigueur, ce qui pourrait dès lors se traduire par un retard de plus d'une année sur le calendrier de ratification arrêté en 1996 si la Chambre du peuple venait à satisfaire cette requête. Bien que motivée officiellement par la volonté de ne ratifier un accord international qu'une fois connu l'ensemble des dispositions du droit interne qui s'y rapportent, cette décision émanant des rangs bourgeois a en fait été interprétée comme une manoeuvre stratégique visant à contraindre l'aile rose-verte du parlement à accepter la révision de la loi sur l'aménagement du territoire, sous peine de renvoyer la ratification de la Convention des Alpes aux calendes grecques [50].