Le Conseil fédéral a choisi de rejeter l’initiative «Oui à l’Europe», qui demande l’ouverture de négociations sans délai, et de lui opposer un contre-projet indirect non soumis au référendum sous la forme d’un arrêté fédéral simple. Ce texte stipule, dans les grandes lignes, que la Suisse participe au processus d’intégration européenne et vise dans ce but à adhérer à l’UE, mais que c’est le Conseil fédéral qui prépare les négociations et décide du moment de la réactivation de la demande d’adhésion. Fondamentalement d’accord avec l’idée d’une adhésion à l’UE – il en a fait son but stratégique à long terme – le gouvernement n’a pas voulu risquer un échec des négociations bilatérales et la possibilité d’un refus devant le peuple. Ce faisant, il a réaffirmé le caractère éminemment prioritaire de la conclusion des bilatérales et préféré garder le pouvoir de décider en temps voulu de la candidature de la Suisse à l’UE [14].

En début d’année, la conseillère nationale Grendelmeier (adi, ZH) a demandé par voie de postulat que le Conseil fédéral présente un rapport sur la relance de la demande d’adhésion de la Suisse à l’Union européenne et examine si les négociations sur l’adhésion devaient être conduites à la place des bilatérales ou parallèlement à elles. Cette proposition étant combattue par un membre de l’UDC, la discussion a été renvoyée. Lors de la session d’été, c’est le groupe radical démocratique de la même chambre qui a invité le gouvernement à faire un état des négociations bilatérales et de leurs chances de succès. Cette fois transmis, le postulat demandait qu’en cas de probabilité négative, le Conseil fédéral expose la manière dont il entendait poursuivre le processus d’intégration ayant pour objectif l’adhésion à l’UE [15].

Un sondage paru en janvier a révélé qu’un tiers des personnes interrogées (dont 57% des romands contre 28% des alémaniques) étaient favorables à une adhésion immédiate à l’UE et que 29% souhaitaient y entrer après la conclusion des négociations bilatérales. Quelques 67% des sondés estimaient qu’en 2010, la Suisse ferait partie de l’Union européenne. A la fin de l’année, un autre sondage a montré que le nombre d’opposants avait encore légèrement reculé (-4,5%). Par ailleurs, le groupe parlementaire démocrate-chrétien des Chambres fédérales s’est prononcé majoritairement (26 voix contre 2 et 7 absentions) pour une adhésion de la Suisse à l’UE, ceci sans passage par l’EEE. Il a été suivi par une majorité écrasante des membres du parti lors d’un congrès qui s’est déroulé à Bâle [16].

L’UE a élevé la voix afin que la Suisse coopère davantage à la lutte contre la contrebande de cigarettes. Selon les Quinze, la Confédération sert de plaque tournante à un trafic qui prétérite ses intérêts dans la lutte contre la fraude au budget européen. Un accord a été signé en début d’année entre Berne et Bruxelles afin d’améliorer la coopération entre les administrations douanières, mais les effets tardent trop à se faire sentir selon la Commission européenne. Par ailleurs, la Suisse, l’Autriche, l’Italie, l’Allemagne et la France se sont rencontrés dans le Vorarlberg autrichien pour tenter de rapprocher leur politique de sécurité. Lors de cette réunion ministérielle à laquelle a participé le conseiller fédéral Arnold Koller, il a également été question des problèmes liés à l’asile, au Kosovo et de la place de la Confédération au sein de l’espace Schengen. A cet égard, il a été convenu unilatéralement de créer un groupe chargé d’élaborer une solution pour que la Suisse adhère à Schengen sans faire partie de l’UE, comme c’est le cas pour l’Islande et la Norvège. Avec l’entrée en vigueur de l’espace Schengen en début d’année, la Suisse s’est trouvée encore davantage isolée en Europe [17].

Les Quinze ont réservé un accueil favorable à la demande de la Suisse de participer à la Conférence européenne. Il a été estimé que la Suisse avait vocation a intégrer un jour l’UE et que par conséquent, il n’y avait aucun obstacle à ce qu’elle fasse partie de la Conférence. Ce forum de consultation politique est normalement ouvert aux membres de l’UE et aux autres pays qui veulent y adhérer. Pour la première fois, la Suisse a donc pu participer à cette réunion en octobre. Désormais elle sera associée au travaux sur la lutte contre le crime organisé et la coopération en matière d’environnement [18].