Selon une enquête publiée par le Sénat belge, l’aide bilatérale de plusieurs pays, dont la Suisse, aurait été détournée au profit du financement de l’effort de guerre rwandais et ceci en toute connaissance de cause. Elle aurait notamment servi à l’achat de plusieurs tonnes de machettes par le Ministère rwandais de la Défense. La Confédération a catégoriquement rejeté ces accusations et précisé qu’elle disposait de toutes les factures justifiant de l’utilisation des fonds d’aide au développement [56].

Par ailleurs, l’ex-ministre de la Défense rwandais James Gasana, employé comme consultant par la DDC, a été démis de ses fonctions après fait l’objet d’une polémique fortement relayée par les médias. Soupçonné par certains d’avoir contribué au génocide dans son pays, il a été directement accusé par le conseiller national Jean Ziegler (ps,GE) lors d’une interpellation cosignée par 43 députés. Innocenté en dernier lieu par le Conseil fédéral, sur la base notamment d’un rapport de l’auditeur en chef de l’armée, l’ex-ministre a néanmoins vu son contrat abrégé avant terme, la Confédération lui reprochant une activité politique difficilement compatible avec le maintien d’une relation de travail avec le gouvernement suisse [57].