A l’instar de l’UE, l’OFAEE a préparé toute une série de sanctions économiques contre la Serbie et la République fédérale de Yougoslavie du Président Slobodan Milosevic, dont notamment le gel des avoirs. La Suisse avait auparavant déjà pris des mesures concernant les exportations d’armes ou la GRE. Par contre, Berne a renoncé à s’associer à l’embargo aérien contre la Yougoslavie appliqué par l’UE. Par ailleurs, la diaspora kosovare en Suisse a également fait l’objet de sanctions de la part du Ministère public qui a bloqué plusieurs comptes bancaires. Des mesures qui n’ont guère été appréciées par le gouvernement kosovar clandestin qui a prié Berne de lui rendre son argent, destiné selon lui a à des opérations humanitaires. La diaspora a en effet été soupçonnée d’avoir abondamment alimenté l’Armée de libération du Kosovo par des transferts de fonds et des envois de matériel de guerre. Un réseau qui approvisionnait la guérilla albanaise en armes et munitions a été démantelé [78].