Avec la votation populaire concernant le génie génétique, le débat a été nourri sur les avantages et désavantages d’une telle technologie et ses risques éventuels. Si la production pharmaceutique a été peu controversée, celle concernant les produits alimentaires a plusieurs fois été fondamentalement remise en cause [51].

Après le soja transgénique, l’Office fédéral de la santé et celui de l’agriculture ont accordé à Novartis l’autorisation de commercialiser en Suisse deux sortes de maïs génétiquement modifiés. Celle-ci est valable pour une période de cinq ans. Le maïs génétiquement modifié devrait être destiné à 80% aux animaux. Il devra pouvoir être identifié comme tel par l’inscription sur l’emballage de l’abréviation OGM (organisme génétiquement modifié). Les associations de consommateurs, les Verts et Greenpeace se sont prononcés contre cette autorisation, ne comprenant notamment pas que la Suisse fasse confiance à un produit qui est sujet à controverse au sein de l’UE [52].

Quelques mois après la première autorisation de l’OFS et de l’OFAG, l’organisation Greenpeace a demandé l’interdiction du maïs génétiquement modifié produit par l’entreprise suisse Novartis, suite à une publication peu rassurante de l’Institut Pasteur à Paris. Après avoir examiné le cas, l’OFS a rétorqué qu’aucune preuve n’était apportée et que ce maïs ne représentait aucun danger pour la santé de l’être humain. Greenpeace a organisé une action de protestation devant le siège de Novartis à Bâle [53].

Le Conseil suisse de la science a décidé de consacrer en 1999 son deuxième PubliForum à l’alimentation et au génie génétique. Le PubliForum consiste à réunir des experts et des profanes à qui l’on demande d’exprimer leurs attentes et leurs craintes, ceci afin d’évaluer les choix technologiques du futur. Cette technique du PubliForum se veut un complément au sondage et un instrument de démocratie. Il permet de confronter les théories scientifiques à l’opinion du simple citoyen. Un rapport sera adressé ensuite au parlementaires [54].