Nachdem mehrere parlamentarische Vorstösse als Folge der Missstände bei der Pensionskasse des Bundes eine Überprüfung der Finanzaufsicht verlangt hatten, schlug der Bundesrat in einer Gesetzesvorlage Massnahmen zur Stärkung und grösseren Unabhängigkeit der Eidgenössischen Finanzkontrolle (EFK) vor. Am Konzept der Finanzaufsicht mit einer parlamentarischen Finanzdelegation und einem dem Parlament wie der Regierung dienenden Fachorgan, der EFK, wollte er allerdings festhalten. Eine Unterstellung der EFK unter das Parlament lehnte der Bundesrat ab, weil dies zu einer Gewichtsverschiebung zugunsten der parlamentarischen Kontrolle führen würde. Ferner sprach er sich gegen die Schaffung eines von Regierung und Parlament unabhängigen Rechnungshofes nach ausländischem Vorbild aus. Die neue Regelung hält im ersten Artikel fest, dass die Finanzkontrolle als oberstes Finanzaufsichtsorgan des Bundes „nur der Bundesverfassung und dem Gesetz verpflichtet ist“; nach bisheriger Regelung galt, dass sie der Bundesversammlung und dem Bundesrat „dient“. Stärker als bisher wird der Bundesrat in die Pflicht genommen, Beanstandungen und Empfehlungen der Revisionsstelle umzusetzen bzw. den Vollzug zu überwachen. Bei besonderen Vorkommnissen ist neben dem zuständigen Departementschef auch die Finanzdelegation zu informieren. Die EFK soll einzelne Berichte separat publizieren und ihren eigenen Jahresbericht veröffentlichen können. Bei der personellen Ausstattung erhält die EFK gemäss Gesetzesentwurf ein direktes Mitspracherecht. Die Wahl des Direktors durch den Bundesrat muss neu vom Parlament bestätigt werden; gleichzeitig wird die unabhängige Position des Direktors gestärkt, indem er auf eine (zweimal verlängerbare) Amtsdauer von sechs Jahren ernannt wird [31].

Der Nationalrat befasste sich als Erstrat mit der Revision des Finanzkontrollgesetzes. Umstritten war in der Finanzkommission die Erweiterung der Aufsicht auf Anstalten und Unternehmungen, an denen der Bund mit mehr als 50% beteiligt ist. Der Rat wies einen entsprechenden Antrag einer Kommissionsminderheit um Steiner (fdp, SO) zurück. Den Antrag Weyeneth (svp, BE), welcher eine Übertragung der Wahl des EFK-Direktors auf die Bundesversammlung forderte – wobei dem Bundesrat ein Vorschlagsrecht eingeräumt würde, lehnte er ebenfalls ab, um die nötige Diskretion bei der Rekrutierung möglicher Kandidaten zu gewährleisten sowie eine Verpolitisierung der Wahl zu verhindern. In der Gesamtabstimmung wurde das Finanzkontrollgesetz mit 130 zu 0 Stimmen genehmigt [32].

In einer Botschaft über die Änderung des Finanzhaushaltgesetzes schlug der Bundesrat vor, die Kompetenz für die Aufnahme von Bundesanleihen an die Eidgenössische Finanzverwaltung (EFV) zu delegieren. Gemäss Verfassung fällt diese Kompetenz in den Geschäftskreis der Bundesversammlung. Nach gängiger Praxis ermächtigten die eidgenössischen Räte den Bundesrat für die Dauer von jeweils einer Legislaturperiode, Anleihen zur Sicherstellung der Zahlungsbereitschaft des Bundes sowie der angeschlossenen Anstalten und Betriebe aufzunehmen. Da die Ermächtigungsbeschlüsse zu einem Routinegeschäft wurden, die in den Kommissionen und Räten kaum zu Diskussionen Anlass gaben, beantragte der Bundesrat, die Kompetenzdelegation ins Dauerrecht zu überführen. Die periodische Berichterstattung mit der Staatsrechnung, durch die das Parlament seine Kontrollfunktion genügend wahrnehmen könne, mache eine Befristung der Kompetenzübertragung laut Botschaft überflüssig [33].