Au Conseil national, l'entrée en matière sur l'arrêté fédéral séparé relatif à une taxe écologique sur l'énergie fut l'objet de débats nourris. Les partisans de la taxe l'ont soutenu en tant que contre-projet indirect aux trois initiatives populaires énergétiques en cours («pour l'introduction d'un centime solaire», «encourager les économies d'énergie et freiner le gaspillage», «pour garantir l'AVS – taxer l'énergie et non le travail!»). La constitutionnalité de la taxe et la procédure adoptée (l'arrêté ne sera soumis à une procédure de consultation qu'après son acceptation par la grande Chambre) ont été vivement controversées. La taxe a été jugée constitutionnelle par l'expert juridique Tobias Jaag pour autant qu'elle remplisse des buts écologiques, qu'elle soit incitative et qu'elle ne soit pas utilisée pour indemniser des investissements non amortissables (INA) ou pour diminuer les charges salariales. Une proposition Leuba (pl, VD) réclama le renvoi de l'arrêté en commission avec mandat de procéder à une consultation des cantons et milieux intéressés avant de décider, ainsi que d'obtenir l'avis du Conseil fédéral sur le projet d'arrêté. Elle fut rejetée in extremis par 93 voix contre 87. La majorité de la Ceate a soutenu la taxe écologique, estimant que la libéralisation du marché de l'électricité dans l'Union européenne nécessitait des mesures d'accompagnement. L'entrée en matière sur l'arrêté a été finalement acceptée par 105 voix contre 72. La taxe a été soutenue par les socialistes et les Verts, une majorité démo-chrétienne, une minorité radicale et par les représentants des cantons de montagne. Le député Lötscher (pdc, LU) demanda l'entrée en vigueur simultanée de la taxe et de la loi sur l’énergie et de prolonger en attendant l'arrêté fédéral de 1990. Soutenue par les écologistes et les socialistes, la proposition a toutefois été rejetée par 83 voix contre 69. Les députés ont suivi les recommandations de Moritz Leuenberger qui demanda de séparer les deux objets afin d'éviter qu'un référendum contre l'arrêté sur la taxe ne retarde l'entrée en vigueur de la loi. Le risque serait de ne jamais voir la loi entrer en vigueur et de prolonger indéfiniment l'arrêté de 1990.

Dans l'examen de détails de l'arrêté, les députés ont maintenu à 0,6 centime par kilowattheure la taxe prélevée sur la consommation finale de toute énergie non renouvelable. La taxe sera restituée dans les cas où les agents fossiles seront exportés ou utilisés à des fins autres qu'énergétiques, lorsque l'électricité sera produite au moyen d'agents renouvelables, lorsqu'elle sera exportée, ainsi que lorsqu'elle servira à alimenter des équipements à pompage-turbinage. La taxe sera exonérée ou remboursée lorsque l'énergie sera destinée à des réseaux de chauffage à distance. Un quart au moins du produit, en moyenne quinquennale, sera utilisé à l'encouragement des énergies renouvelables, à l'assainissement énergétique et au maintien et renouvellement des centrales hydrauliques. Le Conseil fédéral devra instituer un fonds avec les recettes de la taxe incitative. La Confédération pourra mettre à disposition d'organisations privées, cautionnant des projets de financement de tiers, des contributions à fonds perdu comme capital social ou comme caution. La taxe sera introduite progressivement par l'exécutif, en l'espace de six ans, son effet incitatif sera vérifié régulièrement. L'arrêté a été limité à 25 ans au plus à compter de son entrée en vigueur, pour autant que l'approvisionnement du pays en énergie renouvelable locale soit assuré au moins à 50% et que le pourcentage d'énergie utilisable soit supérieur aux pertes d'énergie. Le vote sur l'ensemble de l'arrêté a retenu l'approbation de 98 députés contre 59. Ce projet d'arrêté fédéral sur la taxe a été ensuite mis en procédure de consultation avant d'être transmis au Conseil des Etats [2].

Le Conseil national a donc mis en consultation son projet d'arrêté fédéral relatif à la taxe écologique sur l'énergie dès la fin juillet. Dans un même temps, la Ceate du Conseil des Etats a proposé un nouveau projet de taxe énergétique incitative servant de contre-projet aux initiatives populaires «Encourager les économies d'énergie et freiner le gaspillage» (initiative énergie et environnement) et «Pour l'introduction d'un centime solaire» (initiative solaire), toutes deux rejetées par le Conseil fédéral sans contre-projet. La commission du Conseil des Etats, contrairement au Conseil national, a estimé qu'une modification de la Constitution était indispensable. Elle a mandaté l'Office fédéral de l'énergie pour ouvrir une double procédure de consultation. Le premier volet consiste en un nouvel article constitutionnel instaurant une taxe énergétique sur les agents non renouvelables. Les recettes ont été estimées à 2,5 milliards de francs par année, 2,2 milliards seraient utilisés pour réduire les cotisations sociales prélevées sur les salaires, notamment pour l'AVS et l'AI. Cette proposition fait office de contre-projet à l'initiative populaire énergie et environnement et pourrait servir de fondement pour la réforme fiscale écologique envisagée par Kaspar Villiger. Le second volet, contre-projet à l'initiative solaire, consiste en un second article constitutionnel transitoire. Il stipule que pendant dix ans, 300 millions du produit de la taxe seront destinés à la promotion de l'énergie solaire et de la biomasse, à l'entretien des centrales hydrauliques et aux économies d'énergie. Les représentants de la Ceate ont déclaré que leur projet était fiscalement neutre. Il n'augmentera pas la charge fiscale globale de l'Etat puisqu'il réduira les ponctions salariales et qu'il encouragera de manière acceptable les énergies renouvelables. Le taux de la taxe devrait faire augmenter les prix des agents énergétiques non renouvelables de 10 à 15% [3].

Lors des procédures de consultation, le PDC, le PS et les Verts se sont déclarés favorables aux deux projets qui permettront d'accompagner l'ouverture du marché de l'électricité. Le PS a souhaité que l'article constitutionnel, en tant que base pour une réforme fiscale écologique, soit traité de manière indépendante de l'arrêté du National. Les Libéraux ont refusé clairement le projet de la Chambre du peuple. Ils se sont par contre exprimés favorablement sur le premier volet du projet de la Ceate (taxe sur les énergies non renouvelables pour réduire les cotisations sociales), mais ont rejeté le second (article constitutionnel transitoire encourageant les énergies renouvelables). Le PRD a rejeté le projet du Conseil national, mais il a soutenu celui de la Ceate. L'UDC a refusé strictement toute taxe sur l'énergie, il a été très critique sur les deux projets. Le Vorort a renvoyé catégoriquement le projet du National à l'instar de celui de la Ceate avec toutefois un bémol, puisqu'il a accepté les discussions au sujet d'un projet de réforme fiscale écologique. L'Union des centrales suisses d'électricité (UCS) s'est opposée aux deux projets. Finalement, la Fondation Suisse de l'Energie a soutenu le projet du National et encouragé à long terme l'élaboration d'une réforme fiscale écologique [4].

Le Conseil fédéral, dans sa séance extraordinaire d'octobre, a pris diverses options relatives à la future politique énergétique fédérale. Le gouvernement s'est déclaré pour la première fois ouvertement favorable à l'introduction d'une taxe énergétique incitative et à l'élaboration d'une réforme fiscale écologique. Il s'est ainsi rapproché de la solution concoctée par la Ceate du Conseil des Etats, précisant sa stratégie à propos de la réforme fiscale écologique. Le gouvernement a estimé, à l'instar du Conseil des Etats, que l'introduction d'une taxe sur l'énergie nécessitait la mise en place d'une base constitutionnelle. La réforme fiscale écologique devrait se faire, selon l'exécutif, en deux étapes. La première étape consisterait à introduire une taxe d'incitation ancrée dans un article constitutionnel, dès 2001 ou 2002. L'idée est d'imposer davantage les énergies non renouvelables, de favoriser les énergies renouvelables et de soutenir les centrales hydroélectriques. La deuxième étape du processus devrait remplacer cette taxe d'incitation par un véritable impôt écologique et fiscalement neutre. Il serait introduit à la fin de l'échéance du régime financier actuel (fin 2006) et devrait poursuivre un double but: améliorer l'environnement et favoriser l'emploi. Il devrait frapper les mêmes agents énergétiques que la taxe d'incitation. Mais plus élevé, il permettrait d'abaisser les charges salariales et de renforcer ainsi la compétitivité économique de la Suisse. Une estimation provisoire permet de tabler sur des recettes se situant entre 2 et 3 milliards par an, de quoi alléger les cotisations sociales de 1% (à parts égales pour les employés et les employeurs). Le gouvernement a formé un groupe de travail qui devra plancher sur plusieurs questions: l'indemnisation des INA, l'exemption de la taxe pour l'énergie hydraulique qui pourrait représenter une distorsion de concurrence et donc une violation aux accords de l'OMC, et enfin l'éventuelle suppression de la redevance hydraulique payée par les producteurs aux communes qui possèdent des barrages. La stratégie ainsi présentée par le Conseil fédéral a fait office de réponse aux différentes propositions étudiées par le parlement. Les cantons de montagne ont d'ailleurs réagi vivement à l'idée de supprimer les redevances hydrauliques qui représentent pour eux des recettes très importantes [5].

En mai, le Conseil fédéral a transmis aux Chambres son message relatif à l'initiative populaire des Verts «Pour garantir l'AVS – taxer l'énergie et non le travail!», déposée en 1996. Il a approuvé l'idée d'imposer davantage l'énergie à moyen et à long terme, mais a estimé l'initiative inacceptable du point de vue de la politique budgétaire. Le gouvernement a jugé inopportun d'abaisser l'âge de la retraite en taxant l'énergie, car cela entraînerait une augmentation des coûts des assurances sociales, ce qui aggraverait leurs problèmes de financement. Néanmoins, il a estimé que les effets économiques d'une taxe sur l'énergie introduite progressivement seraient supportables pour l'économie. A long terme, il a même supposé que l'initiative populaire aurait une influence positive sur la croissance économique et sur l'emploi. Toutefois, le constat global restant négatif, le Conseil fédéral a proposé de rejeter l'initiative populaire sans contre-projet [6].