Le Conseil fédéral a pris connaissance de deux rapports finaux des groupes de travail «Standards dans la construction des routes nationales» et «Conservation du réseau des routes nationales». Tous deux avaient été mandatés par l'exécutif en 1996. L’objectif était de soumettre des propositions qui permettraient de maintenir un réseau routier efficace, tout en diminuant les coûts. Le Conseil fédéral a accepté quasiment la totalité des propositions de ces groupes de travail. Il a ensuite ouvert une procédure de consultation relative à une modification de la loi fédérale sur les routes nationales basée sur ces deux rapports. L'avant-projet de loi comporte deux volets principaux: une nouvelle procédure de recours et le transfert de la compétence pour approuver les projets routiers des cantons à la Confédération. Toutefois, les projets seront toujours élaborés par les cantons, en collaboration avec l'Office fédéral des routes. En outre, toutes les procédures spéciales seront réunies en une seule démarche qui comportera l'approbation des plans ainsi que les autres autorisations éventuelles (défrichages, autorisations relevant du droit de la pêche, etc.). Ces règles font d'ailleurs partie du message du Conseil fédéral relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans, voir infra, part. I, 6d (Législation sur la protection de l'environnement) [21].

Les résultats de la procédure de consultation ont montré que la majorité des cantons acceptaient de laisser à la Confédération le soin d'approuver les projets définitifs des routes nationales. Toutefois, une minorité de cantons douta que cela permette réellement d'accélérer la procédure et de réduire les coûts. Concernant la simplification de la procédure, la majorité des cantons et le comité de la Conférence suisse des directeurs des travaux publics, de l'aménagement du territoire et de la protection de l'environnement l'ont approuvée. Seuls quelques cantons ont émis des réserves ou un refus. Les partis gouvernementaux ont été dans l'ensemble satisfaits. Le PDC et l'UDC ont salué les modifications proposées. Le PS a émis des réserves quant à la concentration des procédures. Il a aussi estimé que les autoroutes devaient être mises à la même enseigne que les autres infrastructures. Les associations de transport ont dans l'ensemble approuvé les modifications. Les organisations écologistes ont salué la simplification et l'accélération des voies de recours et de l'approbation des plans, mais ont émis des réserves concernant la réunion des procédures spéciales dans une procédure principale [22].

Par la suite, le Conseil fédéral a transmis aux Chambres son message relatif à la modification de la loi fédérale sur les routes nationales. L’exécutif envisage d'introduire les nouvelles modifications par le biais d'un complément au projet de loi du 25 février 1998 sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans déjà soumis au parlement. Le projet prévoit de transférer la compétence de l'approbation des projets définitifs des cantons à la Confédération, d'intégrer les procédures spéciales dans la procédure principale et de confier aux gouvernements cantonaux la compétence de mettre les projets à l'enquête publique, après que la demande ait été déposée au DETEC. Les décisions du DETEC pourront être attaquées auprès de la commission de recours instituée par le projet de loi sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans, puis auprès du Tribunal fédéral [23].

Par ailleurs, plusieurs initiatives parlementaires, motions et postulats, relatifs aux routes nationales, ont été traités par les Chambres fédérales. Le Conseil des Etats a transmis au gouvernement une motion de la CdG du Conseil national. Elle demande à l'exécutif de prendre des dispositions afin que les projets définitifs et leurs devis soient adaptés aux modifications résultant de la mise à l'enquête publique. L’objectif est d’augmenter la transparence financière des projets de construction et de suivre plus étroitement l'évolution des coûts durant la phase de planification [24].

Le Conseil national a rejeté deux initiatives d'un canton concernant la modification des dispositions de financement prévues pour la construction, l'entretien et l'exploitation des routes nationales. La première, du canton d'Argovie, demandait de modifier ces dispositions, sans en préciser la teneur. La seconde, zurichoise, réclamait que la Confédération prenne en charge l'intégralité des frais de construction, d'entretien et d'exploitation de toutes les routes nationales suisses, y compris les voies rapides [25]. Le National a également rejeté une initiative parlementaire Goll (ps, ZH) qui souhaitait diminuer, voire abolir l'affectation du produit des droits d'entrée sur les carburants à la construction des routes. Les conseillers nationaux n'ont pas voulu se passer des recettes de l'impôt sur les huiles minérales, d'une part pour continuer à financer l'entretien du réseau des routes nationales, et d'autre part en raison du financement des infrastructures des transports publics, qui prévoit que 25% des constructions des NLFA seront financés par le biais du produit des droits sur les carburants [26]. En outre, les conseillers nationaux, par 75 voix contre 74, ont donné suite à une initiative parlementaire du PdL qui demande à la Confédération d’accorder des avances à intérêt raisonnable sur les paiements des cantons, ou de leur allouer des prêts. Ces avances ou prêts pourront se faire sur simple demande des cantons, lorsqu’une route sera déclarée d’intérêt national ou suprarégional [27]. La grande Chambre a aussi transmis un postulat Bührer (prd, SH) qui invite le gouvernement à accélérer les travaux d'entretien du réseau des routes nationales [28].

Le Conseil des Etats a rejeté une initiative du canton de Zurich, qui demandait l'introduction d'une taxe fédérale sur les véhicules à moteur, prélevée par une hausse du prix de l'essence et dont le produit serait redistribué aux cantons pour la construction et l'entretien des routes. Cette taxe devait remplacer les taxes cantonales sur les véhicules à moteur. La CTT s’opposa à l'initiative en raison des difficultés à définir une clé de répartition adéquate pour la redistribution aux cantons et à cause de l'atteinte à la souveraineté fiscale cantonale [29]. Une initiative parlementaire Schlüer (udc, ZH) concernant le financement des routes nationales a été également rejetée par le Conseil national. L'initiant proposait que le réseau des routes nationales soit géré par une entreprise publique, privée ou semi-publique, indépendante, sans subvention extérieure, à but lucratif et financée uniquement par les recettes des taxes d'utilisation perçues sur les véhicules circulant sur les routes nationales. La Confédération devait renoncer aux recettes des surtaxes prélevées sur les carburants et aux contributions spéciales (par exemple: vignette) ou aux impôts affectés à la construction et à l'entretien des routes nationales [30].

Le Conseil national a aussi rejeté l'initiative du canton de Saint-Gall, qui demandait de classer en route nationale la route cantonale entre Rapperswil (SG) et Pfäffikon (SZ). La CTT a estimé qu'il valait mieux attendre les résultats de la révision de la péréquation financière entre la Confédération et les cantons afin d’envisager de nouvelles perspectives pour le financement des routes [31].

Le Conseil des Etats a approuvé une initiative parlementaire Reimann (udc, AG) demandant d'élargir à six voies le tronçon réunissant l’A1 et l’A2 entre Kölliken (AG) et Oensingen (SO). La CTT recommanda pourtant de ne pas donner suite à l'initiative, estimant que la priorité devait aller à l'achèvement du réseau des routes nationales, à l'entretien des ouvrages construits et à l'achèvement de Rail 2000. Les sénateurs n’ont pas suivi leur commission, ils ont approuvé l'initiative par 16 voix contre 15. Cela mit en colère les députés romands qui craignaient que l'initiative ne compromette les projets autoroutiers en cours, notamment l'A5 Yverdon-Neuchâtel-Bienne-Soleure et la Transjurane [32]. Le Conseil national a transmis un postulat de sa CTT invitant le Conseil fédéral à examiner s’il convient d’élargir à six voies le tronçon commun des routes nationales N1 et N2, situé entre les triangles de Härkingen et du Wiggertal [33]. Le National a par contre rejeté une motion Bonny (prd, BE) invitant l’exécutif à élargir la route nationale A1 entre Berne et Zurich, afin que ce tronçon soit doté de six voies. Le Conseil fédéral a déclaré qu’il donnait la priorité à la construction des routes nationales dont le programme, décidé par le parlement, devrait s’achever environ en 2012. Les agrandissements concernant les tronçons existant feraient l’objet de décisions ultérieures. Moritz Leuenberger a souligné que les nouveaux tronçons ferroviaires entre Berne et Zurich, prévus par Rail 2000, permettront de diminuer le temps de parcours du rail à moins d’une heure pour ce trajet, offrant ainsi une véritable alternative à la route [34]. Le Conseil national n'a pas donné suite à une initiative parlementaire Teuscher (pe, BE) réclamant de biffer de la liste des routes nationales suisses un tronçon en ville de Berne (route d'accès à la A1). La majorité de la CTT estima que ce tronçon serait utile, car il permettrait de décongestionner le trafic urbain [35].

En outre, le Conseil national a rejeté une motion Binder (udc, ZH) réclamant à l'exécutif de mandater un nouvel expert indépendant pour examiner les différentes variantes (nord et sud) du contournement de Viège (VS) par l’autoroute A9. Le motionnaire estimait que la variante décidée par le canton du Valais n’était pas la solution la plus raisonnable économiquement. Plusieurs députés du Valais ont rappelé que leur gouvernement avait opté pour la variante sud après avoir enfin trouvé un compromis avec les organisations écologistes, les différentes communes concernées ainsi que tous les partis [36].