Les comptes 1998 des CFF, derniers comptes en tant que régie fédérale, se sont soldés par un déficit de 21 millions de francs. Ce déficit est inférieur de 6 millions à celui qui avait été inscrit au budget 1998. Les CFF ont transporté davantage de passagers et de marchandises en 1998 qu'en 1997, mais les recettes ont diminué. Les produits de ces résultats se sont montés à 6,448 milliards de francs et les charges à 6,469 milliards. Le secteur de l'infrastructure a dégagé un excédent de recettes de 12 millions de francs, alors que le secteur transport a connu un déficit de 33 millions. En dépit d'un chiffre de 12 485 millions de voyageurs-kilomètres (+0,8%), les recettes du trafic voyageurs ont diminué de 22 millions (1,4%) par rapport à 1997. Le trafic régional et le trafic à grandes distances ont tous deux reculé [58].

Le Conseil fédéral a approuvé le budget de la nouvelle société CFF SA pour l'année 1999. Il tient compte de la convention sur les prestations (voir infra) et du plafond des dépenses qui ont été adoptés par le parlement. Pour 1999, un bénéfice de quelque sept millions de francs est attendu sur des recettes globales de 7269 millions de francs. Ce bénéfice devrait se réaliser dans le secteur des transports, dont les charges ont été prévues à 3963 millions de francs et les recettes à 3970 millions. Selon la convention sur les prestations, les CFF sont tenus de réaliser un bénéfice dans ce secteur. Concernant le trafic voyageurs, les relèvements tarifaires devraient permettre d’accroître les recettes et de compenser l'augmentation de la TVA. Dans le trafic marchandises, les recettes devraient à nouveau reculer, malgré la croissance du volume transporté. Le secteur de l'infrastructure sera tenu d’obtenir un résultat équilibré au moyen de rationalisations et d’un plan ciblé en matière d'entretien et d'investissements. Pour 1999, le budget de la Confédération sera chargé de l'indemnisation des prestations de service public du trafic régional (414 millions) et du trafic combiné des marchandises (108 millions), et des prestations d'infrastructure définies dans le plafond des dépenses (1304 millions) [59].

Afin de se sortir des chiffres rouges et de mieux concurrencer la route, la direction des CFF a adopté un plan de sauvetage du nom de «Switch». L'article constitutionnel relatif à l'assainissement des finances fédérales approuvé en votation populaire implique que les CFF devront renoncer à 100 millions et 150 millions de francs respectivement pour les années 1999 et 2000, puis à 200 millions en 2001. Les CFF ont prévu de diminuer leurs coûts d'infrastructures d'environ 20% dans les cinq prochaines années. Le secteur des marchandises devra augmenter sa productivité de 20% et relever les parts de marché du service Cargo. Les CFF viseront à améliorer le résultat de ce secteur d'environ 290 millions de francs annuellement. Le plan de sauvetage envisage, pour atteindre ces objectifs, de supprimer quelque 500 à 1000 emplois en moins de deux ans, selon la direction des CFF. Le syndicat des cheminots a vivement réagi à la nouvelle. Il a déclaré vouloir porter le délai de ces suppressions de postes à 2002 et de les compenser par une diminution du temps de travail[60].

Pour faire face à la concurrence sur le marché européen et augmenter leur rentabilité, les conseils d'administration des CFF et des chemins de fer italiens (FS) ont signé en mars un accord de coopération sur le trafic des marchandises et créé une société commune. Cet accord est un premier pas vers une fusion complète, d'ici à 2001, des activités cargo des deux entreprises. Concrètement, l’accord a donné naissance à la société Cargo Suisse Italie s.à.r.l. Son siège se trouvera à Milan et elle disposera d'une succursale à Chiasso, qui aura comme objectif de surveiller le bon déroulement des transports et d'assurer leur qualité [61].

Dans une même logique de rentabilité, la compagnie ferroviaire Berne-Lötschberg-Simplon (BLS) a signé au mois de décembre un accord de coopération avec les chemins de fer allemands (DB). L’accord doit assurer à long terme, pour les deux compagnies, le transport de marchandises vers et en provenance de l'Italie [62].