Le Conseil fédéral a transmis son message sur la convention relative aux prestations entre la Confédération et les CFF. La convention comprend deux projets d'arrêtés fédéraux de portée générale. Le premier concerne la convention sur les prestations entre la Confédération et les CFF pour la période de 1999 à 2002. Le second a trait au plafond de dépenses pour l'infrastructure des CFF. La convention définit l'orientation stratégique, les objectifs et l'offre des prestations dans les secteurs des transports et de l'infrastructure. Les CFF devront réaliser un bénéfice dans le secteur des transports. Le secteur de l'infrastructure devra réduire ses coûts et accroître le taux d'utilisation du réseau ferroviaire, améliorant ainsi sa productivité. La Confédération assumera le rôle du propriétaire et celui du commanditaire des offres de transport. Pour le trafic régional et le trafic combiné, les cantons et la Confédération payeront les trains non rentables qu'ils auront commandés. Le plafond des dépenses ne portera que sur les prestations pour le secteur de l'infrastructure. La convention et le plafond des dépenses, respectivement instrument de conduite et instrument de gestion, constituent les éléments fondamentaux de la réforme des chemins de fer et permettent de présenter les objectifs de la politique des transports. Au moyen de la convention et du plafond de dépenses, la Confédération codéterminera les objectifs de l'entreprise, mais le conseil d'administration des CFF aura une responsabilité plus étendue en matière de gestion. Tous les quatre ans, les CFF devront présenter au parlement un rapport sur la période de convention écoulée, conjointement avec la nouvelle convention sur les prestations qui remplace le budget des CFF. Le Conseil fédéral approuvera le rapport de gestion, les comptes annuels et le budget. La nouvelle SA devra présenter un résultat d'exploitation positif. Les grandes infrastructures ferroviaires financées par le fonds spécial n'entrent pas dans la convention. Seules les infrastructures courantes sont concernées, elles seront payées par la Confédération par une participation maximale de 5,8 milliards de francs. Les règles de conduite, concernant l'accès au réseau, la fixation des prix des sillons, les indemnités pour les services commandés et le trafic régional, seront fixées à part dans une série d'ordonnances. Concernant le trafic régional, les cantons définiront le niveau des prestations avec l'aide de la Confédération qui les subventionnera à 68%. Les cantons signeront des conventions particulières avec les CFF ou les entreprises concessionnaires [65].

Au cours de la session d'hiver, le Conseil des Etats est entré facilement en matière sur le projet de l'exécutif. Le parlement ne pouvait que l’accepter ou le rejeter en bloc, sans en modifier les dispositions. Les députés ont insisté sur la nécessité de donner plus d'autonomie aux CFF, dans le cadre de l'ouverture du marché et face à la concurrence de la route. Moritz Leuenberger a accordé que la convention avait un caractère très général et abstrait et qu’elle ne contenait pas d'éléments de la stratégie de la Confédération concernant la politique régionale, sociale ou salariale des CFF. Il précisa que ces éléments prendraient forme dans le cadre d'ordonnances du Conseil fédéral. En définitive, la petite Chambre a adopté à l'unanimité les deux projets d'arrêtés fédéraux du gouvernement [66].

Saisi du projet lors de la même session, le Conseil national est entré en matière sans opposition, mais il a émis beaucoup de doutes et de questions concernant la convention sur les prestations. Les rapporteurs de la CTT ont souligné la nécessité d'accepter la convention qui est une suite logique de la réforme des chemins de fer. Plusieurs parlementaires se sont plaints du manque d'informations et de précisions relatif aux engagements des CFF. Ils auraient souhaité que soient mis en place des indicateurs ou des standards de gestion. Le PS s'est montré inquiet pour la situation du personnel des CFF. Ses députés ont souligné la responsabilité que le parlement avait en matière de politique sociale, envers les 30 000 employés des CFF. Dans l'examen de détail de l'arrêté concernant la convention sur les prestations, la majorité de la CTT demanda que le Conseil fédéral soumette les objectifs stratégiques applicables aux CFF à l'approbation du parlement d'ici au 31 mars 1999. Une proposition de minorité Binder (udc, ZH) réclama la soumission au parlement, d'ici au 30 juin 1999, de toute une série de précisions concernant les indicateurs de mesures, les objectifs à atteindre, les principes de politique tarifaire pour le trafic des voyageurs et les directives à appliquer dans les participations éventuelles. Les deux propositions ont été rejetées, respectivement par 76 voix contre 70 et par 83 voix contre 68. Elles ont été combattues par le PRD, l'UDC et le PDC. La CTT a ajouté un nouvel article demandant au Conseil fédéral de soumettre au parlement la convention pour les années 2003-2006, au plus tard le 31 mars 2002. Concernant l'arrêté relatif au plafond de dépenses pour l'infrastructure des CFF, une minorité de gauche réclama d'élever le plafond à 6,45 milliards de francs, puis une proposition Baumberger (pdc, ZH) demanda de le porter à 6 milliards. Ces deux propositions furent écartées. De retour au Conseil des Etats, les sénateurs ont accepté le nouvel article introduit par le National sur la date de soumission de la prochaine convention [67].

Le parlement s'est par ailleurs penché sur un certain nombre de postulats et de motions ayant trait à la réforme des chemins de fer et à la convention sur les prestations. Le Conseil national a transmis une motion de sa CTT concernant la convention relative aux prestations. Comme la convention précise que les CFF devront renforcer leur position sur le marché international, la motion invite le Conseil fédéral à éliminer les distorsions de concurrence résultant de la TVA au détriment du rail, par rapport à l'avion, au bus et aux réseaux étrangers voisins [68]. La grande Chambre a également transmis au gouvernement une motion de la CTT du Conseil des Etats invitant le Conseil fédéral à présenter au parlement, au plus tard trois ans après l'entrée en vigueur de la réforme des chemins de fer, un projet relatif aux modifications législatives nécessaires pour assurer une harmonisation totale du financement des transports publics, notamment des investissements. Les deux Chambres ont aussi transmis une motion de la CTT du National, qui charge le Conseil fédéral de créer la base légale nécessaire, afin que les données concernant les entreprises de transport de la Confédération (CFF) et les entreprises de transport concessionnaires puissent être mises à la disposition du public. Les conséquences de la réforme des chemins de fer, la provenance et l'utilisation des fonds publics devront aussi faire l'objet d'études statistiques [69]. En outre, le Conseil des Etats a transmis un postulat Bieri (pdc, ZG) invitant le gouvernement à faire un rapport sur les premiers résultats de l'application de la réforme des chemins de fer, avant l'échéance de la première convention sur les prestations conclue avec les CFF. Le rapport devra déterminer si de nouvelles mesures de libéralisation pourront être prises. Il inclura également les enseignements tirés à l'étranger des différents modèles [70].

Le Conseil national a transmis un postulat de sa CTT demandant au gouvernement d'examiner si les tâches assumées par les CFF, relevant de la puissance publique, pouvaient être transférées, non pas à l'administration, mais à une société externe. Le National a également transmis un postulat de sa CTT demandant à l'exécutif de présenter, d'ici à la fin de 1999, un rapport dans lequel il expliquera comment passer, le plus rapidement possible, de la fixation des prix des tracés par l’administration à un système de formation des prix conforme aux lois du marché [71].

Le Conseil des Etats a transformé en postulat une motion Bloetzer (pdc, VS) proposant au Conseil fédéral d'élaborer un projet pour octroyer des contributions pour le transport ferroviaire de véhicules routiers accompagnés, lorsqu'il n’est pas possible pour les exploitations ferroviaires d'atteindre l'équilibre financier. Il s'agit de prélever des taxes répondant aux impératifs des politiques des transports et de l'environnement, dans le but de réduire les tarifs pour le transport ferroviaire de véhicules routiers accompagnés [72].