Le Conseil des Etats s'est penché sur le message de l'exécutif concernant la révision partielle de la loi sur l'aviation. Les sénateurs se sont prononcés en faveur d'une libéralisation de la navigation aérienne et d'une ouverture à la concurrence internationale en Suisse. L'entrée en matière a été décidée sans opposition. Dans l'examen de détail, les parlementaires ont souhaité donner plus de clarté à l'octroi de concession pour les entreprises ayant leur siège en Suisse. Le Conseil national avait réclamé, dans la mesure du possible, une exploitation écologique des aéronefs. La majorité de la CTT du Conseil des Etats a préféré parler d'exploitation aussi respectueuse que possible de l'environnement, renforçant ainsi le critère écologique. Cette modification a été approuvée par 20 voix contre 16. Pour les demandes de concessions concernant les entreprises ayant leur siège à l'étranger, les sénateurs ont souhaité introduire la même précision. La CTT proposa que les gouvernements des cantons concernés et les entreprises publiques de transports, dont les intérêts sont touchés, soient consultés avant qu'une décision soit prise pour une demande de concession. Les sénateurs ont suivi la commission, créant ainsi une divergence avec la Chambre basse.

Les débats se sont ensuite intensifiés au sujet de la clause de multiples désignations. Cette clause permet à plusieurs compagnies étrangères de venir opérer en Suisse et aux compagnies suisses d'utiliser les routes faisant l'objet d'un accord international. La majorité de la CTT était d’avis que la clause n'avait pas sa place dans la loi. Quant à la minorité, composée essentiellement de représentants romands, elle plaida en faveur de son inscription dans la loi. Pour elle, la suppression de cette clause laisserait penser que la Suisse ne souhaite pas véritablement ouvrir le marché. Le plénum a suivi cette argumentation en adhérant par 20 voix contre 19 à la version du Conseil national. Finalement, une minorité romande retira une proposition de limiter toutes les concessions existantes à cinq ans au maximum, en raison du gain déjà extrêmement serré du maintien de la clause de multiples désignations. Ainsi, concernant la durée de la concession pour Swissair, on en reste à la version du National: le monopole de la compagnie sur les lignes qu'elle exploite aujourd'hui sera supprimé à la fin 2008 [84].

Saisi à nouveau du dossier, le Conseil national a maintenu sa version concernant les critères pour l'octroi de concession pour des entreprises ayant leur siège en Suisse. Il a refusé la version plus écologique de la petite Chambre. Pour les entreprises ayant leur siège à l'étranger, la grande Chambre a accepté de parler d'exploitation aussi respectueuse que possible de l'environnement, mais elle a souhaité que cela se fasse en vertu des standards minimums convenus sur le plan international. Suivant la majorité de la CTT, les députés ont supprimé la modification relative à la consultation des cantons et des entreprises publiques pour l'octroi de concession à des entreprises ayant leur siège en Suisse. Ils ont souhaité garantir la flexibilité de la loi, afin de permettre à la Suisse de s'adapter au droit européen [85].

De retour au Conseil des Etats lors de la session d'avril, le dossier fut classé rapidement. Les sénateurs se sont ralliés à la version du National pour les deux dernières divergences [86].