L'Union européenne et l'Italie ont signé un accord concernant le transfert progressif des vols des compagnies étrangères de l'aéroport de Milan-Linate au nouvel aéroport de Milan-Malpensa, ouvert en octobre. Malpensa, distant de 53 km de Milan, n'était alors toujours pas desservi, ni par l'autoroute, ni par le rail. Les autorités italiennes ont signé un décret d'application de l'accord avec l'UE, excluant les compagnies ne détenant pas majoritairement leur capital au sein des pays membres de l’UE. Swissair n'a pas obtenu le droit de maintenir 34% de ses vols à l’aéroport de Linate. La compagnie s'est insurgée, qualifiant la mesure de discriminatoire. L'ambassade de Suisse à Rome et l'Office fédéral de l’aviation civile (OFAC) ont soutenu Swissair et demandé aux autorités italiennes de surseoir à cette mesure. Swissair, tout comme d'autres compagnies aériennes extra-communautaires, a déposé un recours qui a été rejeté par le Tribunal administratif de Lombardie. Par la suite, la compagnie a déposé un second recours auprès du Conseil d'Etat italien. Elle a estimé avoir perdu près de 30% de ses passagers entre Zurich et Milan depuis le transfert à Malpensa [87].