Das Wahlkampfprogramm der Grünen für die nationalen Wahlen wurde im Mai in Genf an einer Delegiertenversammlung diskutiert. Dabei hielt die GP einhellig an ihren traditionellen Positionen fest. Sie bestätigte auch ihre Forderung nach einem EU-Beitritt der Schweiz. Das von Parteipräsident Baumann angekündigte Projekt für eine Volksinitiative für eine Neugliederung der Schweiz in einige wenige Grosskantone wurde hingegen auf den nächsten Parteitag vom September verschoben. Nachdem es dort auch nicht behandelt worden war, reichte die Grüne Fraktion den Vorstoss für eine Neustrukturierung der Schweizer Kantone als parlamentarische Initiative im Nationalrat ein [32].

Am letzten Parteitag der GP vor den Wahlen in Baden wurde über die bilateralen Verträge mit der EU verhandelt. Mit 74 Ja-Stimmen bei fünf Enthaltungen verabschiedeten die Delegierten eine Resolution, welche die eidgenössischen Räte dazu aufforderte, die Vorschläge der Nationalratskommission zu den flankierenden Massnahmen anzunehmen. Im Besonderen wurde gefordert, dass die Verlagerung des Schwerverkehrs auf die Schiene forciert werde [33].

Trotz der Niederlage zu Jahresbeginn bei den kantonalen Wahlen in Zürich, wo die GP fünf von sechzehn Parlamentsmandaten verloren hatte, gab man sich für die eidgenössischen Wahlen vom Herbst zuversichtlich und rechnete mit drei Sitzgewinnen im Nationalrat. Das Ergebnis bestätigte den Status quo: zwei Sitzgewinnen in der Westschweiz standen zwei Mandatsverluste in der Deutschschweiz gegenüber; der Wähleranteil konnte mit 5,0% gehalten werden.