Die seit 1983 amtierende Zürcher LdU-Nationalrätin Grendelmeier gab im Januar bekannt, dass sie nach der Frühlingssession aus dem Parlament zurücktreten werde. Zudem musste die Partei ein neues Präsidium wählen, nachdem Daniel Andres (BE) im vorigen Herbst sein Amt zur Verfügung gestellt hatte. Die Kantonalparteien hatten im Vorfeld den Wunsch geäussert, das neue Präsidium müsste auch im nationalen Parlament vertreten sein. Nach der Rücktrittsankündigung Grendelmeiers stand Anton Schaller, erstes nachrückendes Mitglied auf der Zürcher LdU-Liste, praktisch als Nachfolger für das Präsidium fest. Der 54jährige Schaller, Fernsehproduzent und Zürcher Kantonsrat, erhielt 53 Delegiertenstimmen bei 10 Enthaltungen. Von einigen seiner Parteigenossen wurde die Befürchtung eingebracht, mit der Wahl Schallers sei ein Linksrutsch vorprogrammiert. In Presseinterviews verkündete Schaller einige Tage später, dass bei weiteren Verlusten im Wahljahr eine "würdige Liquidation" der Partei anstehen könnte. Mitte Februar wurde die Zürcher Kantonsrätin Astrid Kugler zur neuen Generalsekretärin ernannt. Das Amt war seit dem vergangenen Herbst interimistisch durch Rudolf Hofer, Sekretär der LdU/EVP-Bundeshausfraktion, ausgeübt worden. Im April gaben die Partei und der Migros-Genossenschafts-Bund ihre definitive Trennung bekannt  [34].

Nach dieser Trennung wollte sich der LdU als unabhängige Partei neu positionieren und neue Wähler ansprechen. Parteipräsident Schaller führte aus, das Ziel seiner Partei sei die Bildung einer neuen Mitte; es seien bereits Gespräche mit Teilen der Grünen, der CSP und der EVP geführt worden. Auch mit Angestelltenverbänden werde eine Zusammenarbeit angestrebt. Doch die Niederlage bei den Zürcher Kantonswahlen versetzte der Partei einen harten Schlag. Der LdU verlor vier seiner bislang sechs Sitze im Kantonsrat; Schaller selbst wurde nicht wiedergewählt. Trotz entsprechender Anträge wurde am Reformparteitag vom Mai in Zürich mit 52 zu neun Stimmen keine Auflösung der Partei beschlossen. Die Kantonalsektionen Aargau, Solothurn, St. Gallen, Bern und Zürich waren bereit, den Wahlkampf für die Nationalratswahlen aufzunehmen. An einer Pressekonferenz Ende Juli verkündete Schaller, der LdU trete unter der Bezeichnung "Liste der Unabhängigen" den Wahlkampf an. Auch ein neues Logo in Blau mit dem Schriftzug "Neugeboren und unbequem" wurde vorgestellt [35].

Die Nationalratswahlen vom Oktober brachten dem LdU eine brutale Niederlage. Er verlor zwei seiner drei Sitze und sein Wähleranteil ging von 1,8% auf 0,7% zurück. Einzig der Zürcher Wiederkehr konnte seinen Sitz im Nationalrat halten. Zwei Tage nach der Wahlniederlage beantragte der Vorstand die Auflösung des LdU. Nach 63jährigem Bestehen löste sich der LdU Anfangs Dezember in Aarau auf. Mit 57 gegen sieben Stimmen beschlossen die Delegierten am 4. Dezember das Aus für die nationale Partei. Vertreter aus dem Kanton St. Gallen machten jedoch deutlich, dass sie auf kommunaler Ebene weiter kämpfen wollen. Gleichzeitig mit der Auflösung wurde am Parteitag die "Landesstiftung der Unabhängigen (LdU)" ins Leben gerufen, die das Gedankengut der Partei weitertragen soll. Zwei anderslautende Anträge, ein "Forum Schweiz-Europa" zu schaffen oder das Geld mittels einer Schenkung der Migros zu vermachen, wurden abgelehnt [36].