Am 7. Februar stimmten Volk und Stände mit deutlichem Mehr der Beseitigung der sogenannten Kantonsklausel in der Verfassung für die Zusammensetzung der Landesregierung zu. Nur gerade die Kantone Wallis und Jura lehnten die neue Verfassungsbestimmung ab. In der sehr bescheiden geführten Kampagne bildete sich zwar – als Gegenpol zu dem aus rund 90 nationalen Parlamentariern der Bundesratsparteien gebildeten befürwortenden Komitee – auch ein aus Politikern aller politischer Lager gebildetes Gegenkomitee. Sein Hauptargument war, dass diese Reform nur ein erster Schritt zu einem Abbau der föderalistischen Garantien zugunsten der kleinen Kantone darstelle. Sei dieser Schritt einmal gemacht, würden auch weitere, wie die Übervertretung der bevölkerungsschwachen Kantone im Ständerat und das Ständemehr bei obligatorischen Volksabstimmungen unter Beschuss geraten. Viel Geld für Inserate war aber nicht vorhanden und die Debatten, soweit sie überhaupt stattfanden, verliefen äusserst zahm. Von den politischen Parteien hatten alle die Ja-Parole beschlossen. Immerhin gab es mit der Nein-Parole der SVP des Kantons Zürich auch eine prominente Gegenstimme. Herzensblut vergoss allerdings auch die Zürcher SVP nicht für die Beibehaltung der Kantonsklausel. Gegen die Reform sprachen sich auch die Waadtländer Liberalen und einige Sektionen der FDP und der CVP in der Westschweiz und im Tessin aus [3].

Die Zustimmung fiel mit einem Ja-Anteil von fast 75% klar aus. Mit Ausnahme von Jura und Wallis stimmten alle Kantone zu; in den kleineren (NE, FR, AI, AR, Innerschweiz, GL, GR) sowie im Tessin lag der Ja-Stimmen-Anteil allerdings unter dem Landesmittel. Die grössten Ja-Mehrheiten ergaben sich in Genf, Zürich und Basel-Stadt mit über 80% [4].

Bereits im März bestand für die Bundesversammlung die Möglichkeit, von diesen erweiterten Auswahlmöglichkeiten Gebrauch zu machen; genutzt wurde sie allerdings nicht. Am 13. Januar hatten die beiden christlichdemokratischen Bundesräte Arnold Koller und Flavio Cotti ihre Rücktritte auf Ende April bekannt gegeben. Beide waren 1986 in die Landesregierung gewählt worden. Obwohl beide versicherten, autonom und ohne Druck ihrer Partei zu diesem Entschluss gekommen zu sein, interpretierte ein guter Teil der Medien (und auch die Konkurrenzparteien) diesen Entscheid als geschicktes taktisches Manöver zugunsten der CVP. Damit würde diese Partei, der allenthalben eine Wahlniederlage im Herbst vorausgesagt wurde, positiv ins Gespräch gebracht und zudem ihre beiden Sitze im Bundesrat gegen Ansprüche der nach den Wahlen aller Voraussicht nach wählerstärkeren SVP abgesichert [5].

Der Anspruch der CVP auf die Wiederbesetzung beider Sitze blieb unbestrittenen. Sowohl in den Medien wie auch bei den Parteien war von Anfang an klar, dass unter den Gewählten eine Frau sein sollte. Das von den Medien sofort in Gang gesetzte Kandidatenkarussell sah rasch die St. Galler Regierungsrätin Rita Roos und den Freiburger Nationalrat Joseph Deiss in der Favoritenstellung. Nicht nur, aber doch vor allem aus der Westschweiz wurde die Forderung angemeldet, dass als Nachfolger für den Tessiner Cotti ein Kandidat der lateinischen Schweiz gewählt werden müsse. Dies sei nicht nur für den Zusammenhalt der Schweiz, sondern auch der CVP wichtig. Dass es sich dabei um einen Mann handeln würde, war angesichts des Mangels an geeigneten französisch- resp. italienischsprachigen CVP-Politikerinnen naheliegend. Als mögliche Kandidaten wurden neben Deiss, der zwar deutscher Muttersprache ist, aber als Gemeindepräsident einer französischsprachigen Gemeinde als zweisprachig gilt, der jurassische Regierungs- und ex-Ständerat Jean-François Roth ins Spiel gebracht. Das Tessin wirkte in der Verteidigung „seines“ Sitzes nicht eben überzeugend. Als Grund dafür wurde, neben der objektiven Feststellung, dass die italienische Sprachgruppe keinen Anspruch auf eine permanente Übervertretung im Bundesrat anmelden könne, auch das Interesse der anderen Tessiner Parteien gesehen, die den Weg für spätere eigene Kandidaten nicht verbauen wollten [6].

Als erste Kantonalpartei nominierte die Freiburger CVP mit Joseph Deiss ihren Kandidaten. Mit den Nationalräten Remigio Ratti (TI), Peter Hess (ZG), Albert Durrer (OW), Jean-François Roth (JU) sowie Ständerat Bruno Frick (SZ) wurden von den dafür zuständigen Kantonalsektionen weitere männliche Bewerber angemeldet. Dabei wurde von den Medien die Kandidatur von Parteipräsident Durrer als für die CVP nicht ganz unproblematisch erachtet, da davon ausgegangen werden konnte, dass die Fraktion nicht darum herumkommen würde, neben einer Frau auch ihren Präsidenten zu nominieren, was die Chancen einer „lateinischen“ Kandidatur gefährden würde. Der in den letzten Jahren von vielen Medien als Kronfavorit für einen CVP-Bundesratsposten gehandelte St. Galler Nationalrat Eugen David verzichtete angesichts der beiden aussichtsreichen weiblichen Kandidatinnen aus der Ostschweiz (siehe unten) darauf, sich um eine Nomination zu bewerben [7]. Die Auswahl von weiblichen Kandidatinnen der CVP war nicht ganz ohne Probleme. National bekannte Politikerinnen, wie etwa die Nationalrätinnen Judith Stamm (LU) oder Rosmarie Zapfl (ZH), welche 60 und mehr Jahre zählen, wurden parteiintern als zu alt beurteilt. Von den kantonalen Regierungsrätinnen stellten sich einige, welche auch national über einen gewissen Bekanntheitsgrad verfügen, nicht zur Verfügung (Brigitte Mürner, LU, Elsbeth Schneider, BL). Von ihren Kantonalsektionen als offizielle Kandidatinnen angemeldet wurden schliesslich die Regierungsrätinnen Rita Roos (SG) und Ruth Metzler (AI) [8].

Zur Nachfolge von Arnold Koller präsentierte die CVP-Fraktion Ruth Metzler und Rita Roos, ohne sich für eine der beiden zu entscheiden. Sogar ein Dreierpack mit Parteipräsident Durrer sowie Deiss und Ratti schlug sie für den zweiten Bundesratssitz vor. Die Fraktionen der anderen Bundesratsparteien verzichteten darauf, Empfehlungen für die Wahl abzugeben und der Anspruch der CVP auf die Wiederbesetzung der beiden Sitze wurde weiterhin von keiner Seite in Frage gestellt [9].

Nach einer bisher in der Schweiz bei Bundesratswahlen noch nie gesehenen medialen Kampagne, während welcher die potentiellen Bewerber und Bewerberinnen nicht nur in zahlreichen Presseartikeln vorgestellt wurden, sondern sich auch in diversen Fernsehkanälen in Diskussionssendungen massen [10], fand am 11. März die Wahl durch die Vereinigte Bundesversammlung statt. Zuerst wurde die Nachfolgerin von Koller bestimmt. Im ersten Wahlgang erreichte hinter den beiden offiziellen Kandidatinnen die nicht kandidierende Solothurner Ständerätin Simmen (cvp) 33 Stimmen. Im zweiten Wahlgang lagen die beiden CVP-Kandidatinnen mit je 122 Stimmen gleichauf und im dritten wurde Ruth Metzler mit 126 Stimmen bei einem absoluten Mehr von 123 Stimmen gewählt. Um einiges länger dauerte die Wahl für den Nachfolger von Flavio Cotti. Vom ersten bis zum vierten Wahlgang erhielten nicht die von der CVP-Fraktion empfohlenen Kandidaten Ratti, Durrer und Deiss am meisten Stimmen, sondern Jean-François Roth und Peter Hess. Remigio Ratti schied nach dem dritten, Parteipräsident Durrer nach dem vierten Wahlgang aus. Mit nur einer Stimme Vorsprung (120:119 bei einem absoluten Mehr von 120) setzte sich schliesslich Joseph Deiss gegen Hess durch [11]. Zu Departementsrochaden kam es nicht. Am 1. Mai übernahm Metzler das Justiz- und Deiss das Aussenministerium [12].

Der Wahlsieg der SVP bei den Nationalratswahlen, welcher sie von der viertgrössten zur wählermässig stärksten Partei hatte anwachsen lassen, belebte die sporadisch aufkeimende Diskussion um die Fortführung der sogenannten Zauberformel für die parteipolitische Zusammensetzung der Landesregierung. Unmittelbar nach den Nationalratswahlen verlangten Parteipräsident Maurer (ZH) und Nationalrat Blocher (svp, ZH) einen der beiden CVP-Sitze, da diese nun zur schwächsten Bundesratspartei geworden sei. Diese Forderung wurde von der SVP übernommen; die von der Partei reklamierte Aussprache über eine neue Regierungszusammensetzung stiess aber bei den anderen Bundesratsparteien auf kein Interesse. Die FDP zeigte keine Lust, einen der beiden im Frühjahr frisch gewählten CVP-Vertreter bereits wieder abzuwählen, und auch die SP konnte kein Interesse an der Schwächung der politischen Mitte zugunsten der SVP haben. In der Folge änderte deshalb die SVP ihre Stossrichtung und verlangte einen der beiden SP-Sitze. Mit dieser Forderung konnte sie zwar bei einigen Freisinnigen auf Unterstützung hoffen, provozierte aber auch eine Gegenreaktion bei der SP, welche erklärte, dass bei einer Abwahl eines ihrer beiden Regierungsmitglieder auch das andere zurücktreten würde. Die FDP gestand zwar zu, dass eine rein bürgerliche Regierung nicht ohne Reiz wäre, gab aber zu bedenken, dass die bestehenden Volksrechte die Regierungspolitik lähmen könnten und zudem der SP ihre Oppositionsrolle zu einfach machen würden. Ende November nominierte die SVP-Fraktion ihren Bisherigen Adolf Ogi sowie, als Herausforderer für die beiden Sozialdemokraten, Christoph Blocher. Die CVP-Fraktion sprach sich einstimmig und die FDP-Fraktion bei einigen Gegenstimmen für die Bestätigung der Bisherigen und damit gegen die Wahl von Blocher aus [13].

Am 15. Dezember bestätigte die Vereinigte Bundesversammlung alle amtierenden Bundesräte. Zuerst wurde Adolf Ogi (svp) als Amtsältester mit dem sehr guten Resultat von 191 Stimmen gewählt. Damit waren die Spekulationen erledigt, welche in den Medien über eine eventuelle Wahl des freisinnigen Parteipräsidenten Steinegger (UR) anstelle des von seiner Partei kaum mehr unterstützten Ogi angestellt worden waren. Der an zweiter Stelle zu wählende Kaspar Villiger (fdp) wurde mit 187 Stimmen ebenfalls klar bestätigt. Der als Kandidat gegen die Sozialdemokraten antretende Christoph Blocher unterlag gegen Ruth Dreifuss mit 148:58 Stimmen und gegen Moritz Leuenberger mit 154:58. Blocher hatte also kaum über die Grenzen seiner Partei hinaus Stimmen sammeln können. Nachdem die Sozialdemokraten ihre Schäfchen im Trockenen hatten, waren Vergeltungsaktionen angesagt. Leidtragender war der bei der Linken wegen gewisser wirtschaftsliberaler Aussagen ohnehin wenig beliebte Freisinnige Couchepin, der bei einem absoluten Mehr von 113 Stimmen lediglich deren 124 erzielte. Problemlos verlief dann die Wiederwahl der beiden im Frühjahr gewählten CVP-Regierungsmitglieder. Die von der Linken ebenfalls nicht sonderlich geschätzte Ruth Metzler kam auf 144, Joseph Deiss auf 173 Stimmen. Zum Bundespräsidenten für das Jahr 2000 wurde mit 176 Stimmen Adolf Ogi, zu seinem Vize mit 145 Stimmen Moritz Leuenberger gewählt [14].

Unmittelbar nach der Wahl des Bundesrates erkor das Parlament eine Nachfolgerin für den altershalber zurücktretenden Bundeskanzler François Couchepin (fdp). Die FDP-Fraktion hatte dafür die Chefin der Parlamentsdienste, Annemarie Huber-Hotz, vorgeschlagen, die Fraktionen der SP und der CVP portierten Vizekanzlerin Hanna Muralt Müller (sp) resp. Vizekanzler Achille Casanova (cvp). Gewählt wurde im vierten Wahlgang Annemarie Huber-Hotz mit 152 Stimmen bei einem absoluten Mehr von 120. Auf Casanova entfielen deren 86; Hanna Muralt war nach dem dritten Wahlgang mit 50 Stimmen ausgeschieden [15].