Das neue Bundespersonalgesetz (BPG) wurde 1999 von beiden Räten behandelt; die Differenzbereinigung konnte aber noch nicht abgeschlossen werden. Im Nationalrat beantragten Borel (sp, NE) und Spielmann (pda, GE) Nichteintreten, da die vorgeschlagenen Regelungen ein Ausdruck der grundsätzlich zu bekämpfenden Liberalisierungswelle seien, die letztendlich in einen Abbau der staatlichen Leistungen münden werde. Mit besonderem Nachdruck wandte sich Borel gegen die Einführung eines Leistungslohnsystems. Der Rückweisungsantrag fand nur bei einer Minderheit der SP-Fraktion Unterstützung und wurde mit 119:18 Stimmen abgelehnt. Zuwenig weit ging hingegen das neue Gesetz für Bortoluzzi (svp, ZH). Er verlangte die Rückweisung an die Kommission mit dem Auftrag, einen Entwurf vorzulegen, der dem Bund mehr Freiheit in seiner Personalpolitik gibt. Die Post und die SBB wollte Bortoluzzi ganz aus dem Gesetz herausnehmen und ihnen damit keine über das Obligationenrecht hinausgehende personalpolitischen Verpflichtungen auflasten. Sein Antrag wurde nur von der SVP-Fraktion unterstützt und unterlag mit 111:24 Stimmen.

In der Detailberatung verlangte der Freisinnige Pelli (TI), dass auch bei Betrieben, welche zur Post oder der SBB gehören, das Personal vollumfänglich dem Bundespersonalgesetz unterstellt wird. Der Bundesrat widersetzte sich vergeblich diesem namentlich von der SP unterstützten Antrag, der es seiner Meinung nach den beiden Betrieben praktisch verunmöglichen würde, mit anderen Unternehmen gemeinsame Firmen zu betreiben. Mit 83:80 Stimmen wurde die Forderung angenommen. Zu einer grösseren Debatte führte die Bestimmung, dass für arbeitsrechtliche Fragen, welche nicht durch das Personalgesetz geregelt sind, die Bestimmungen des Obligationenrechts gelten. Die SP bekämpfte diese Version erfolglos. Ihrer Meinung nach würden, angesichts der Konzeption des BPG als Rahmengesetz, viele Bereiche unter diese Klausel fallen, und damit könnten den Besonderheiten der staatlichen Anstellungsbedingungen gegenüber denjenigen der Privatwirtschaft zuwenig Rechnung getragen werden. Eine weitere Niederlage erlitt die Ratslinke bei den Kündigungsbestimmungen. Ihr Streichungsantrag für die Regelung, dass der Bund bei Umstrukturierungen Kündigungen aussprechen kann, wenn dem betroffenen Personal keine zumutbare andere Arbeit angeboten werden kann, unterlag mit 89:68 Stimmen. Bei der Frage der Einführung einer Leistungslohnkomponente unterlag der Streichungsantrag der Linken ebenfalls. Nicht durchsetzen konnte sich aber auch die vor allem von der SVP getragene Forderung, dass die Funktionskomponente maximal 60% betragen dürfe, um ausreichenden Spielraum für die leistungsmässige Differenzierung der Löhne zu erhalten. Konform zur neuen Bundesverfassung, welche eine gesetzliche Begründung für Einschränkungen des Streikrechts verlangt, stimmte der Rat einer Formulierung zu, welche den Bundesrat ermächtigt, in drei Fällen das Streikrecht für bestimmte Personalkategorien aufzuheben oder einzuschränken: bei Gefährdung der Staatssicherheit, bei Beeinträchtigung der Landesversorgung mit lebenswichtigen Gütern und Dienstleistungen sowie zur Wahrung von aussenpolitischen Interessen. Ein von der SVP gefordertes generelles Streikverbot mit Ausnahmeregelungen konnte sich nicht durchsetzen. In der Gesamtabstimmung wurde das neue Gesetz mit 58:21 Stimmen bei 40 Enthaltungen angenommen. Die Gegenstimmen stammten zu zwei Dritteln aus der SVP-Fraktion und zu einem Drittel aus der SP (namentlich von ihren welschen Vertretern) und der PdA. Der Rest der SP wie auch die Grünen enthielten sich der Stimme [23].

Der Ständerat folgte in der Wintersession weitgehend den Beschlüssen der grossen Kammer. In Abweichung vom Nationalrat beschloss er aber, dass der Bundesrat ganze Personalkategorien nicht dem Bundespersonalgesetz, sondern dem Obligationenrecht unterstellen kann. Namentlich erwähnt sind dabei Aushilfspersonal, Praktikanten und im Ausland (z.B. in Botschaften) angestelltes ausländisches Personal. Bisher war dies nur ausnahmsweise in begründeten Einzelfällen möglich. Dabei kam der Rat der Kritik der Linken insofern entgegen, als er dazu anfügte, dass der Bundesrat Mindestvorschriften (z.B. über die im OR nicht geregelten Löhne) für diese Kategorien erlassen kann. In der Gesamtabstimmung votierten 27 Abgeordnete für und 4 gegen das neue Gesetz [24].

Die GPK des Nationalrats veröffentlichte einen ausführlichen Bericht zum Themenkomplex „Nebenbeschäftigung von Beamten und dabei entstehende mögliche Interessenkonflikte“. Konkret waren dabei insbesondere Nebenerwerbstätigkeiten angesprochen, bei welchen ein Beamter sich durch seine im Amt erworbenen Kenntnisse Vorteile verschaffen kann (z.B. ein Steuerinspektor als privater Steuerberater). Sie stellte darin fest, dass die bisherige Praxis abgesehen von Einzelfällen zu keinen Problemen geführt habe. Sie empfahl dem Bundesrat aber trotzdem, die bestehende Regelung in einigen Punkten zu verändern und insbesondere zu präzisieren. So möchte sie beispielsweise das bestehende Verbot, das aber die Bewilligung von Ausnahmen zulässt, durch eine Bestimmung ersetzen, die generell eine Bewilligungspflicht vorsieht [25].