Le conflit dans les Balkans a redonné du souffle au débat sur la neutralité. Après avoir consulté ses experts en droit international, le Conseil fédéral a autorisé les entreprises suisses d’armement à continuer de fournir les pays de l’OTAN lors du conflit dans les Balkans. Par contre, il a refusé aux avions de l’Alliance le survol du territoire helvétique. Ces décisions ont été longuement commentées dans les médias. Après s’être rendu en Albanie, Joseph Deiss a rappelé que la neutralité suisse était basée sur un soutien humanitaire sans réserve, et non sur l’intervention militaire. Il a toutefois mentionné que la Confédération pourrait participer à une force de maintien de la paix dans le domaine de la santé ou du transport. Par contre, la Suisse a décidé d’appliquer les sanctions prises par l’UE à l’encontre de Belgrade à l’exception de celles dictant un embargo sur le trafic aérien (en raison d’un accord bilatéral de réadmission des criminels qu’elle voulait maintenir avec la République fédérale de Yougoslavie) et un embargo pétrolier. Le DFAE a aussi condamné Belgrade en lui attribuant l’échec des négociations de paix. Conscient que le concept de neutralité avait malgré tout besoin d’être adapté, Joseph Deiss a annoncé qu’un groupe de travail serait créé à cette fin. Un sondage commandé par le DFAE a montré que les personnes interrogées tenaient à une large majorité (74% contre 14%) à ce que la Suisse conserve sa neutralité. A 41%, les sondés souhaitent également que cette neutralité soit liée à une ouverture politique, alors que 21% pensent exactement le contraire [5].