Le Conseil fédéral a transmis aux chambres son message relatif à l’initiative populaire « Oui à l’Europe ! » en leur recommandant de la rejeter. Bien que le gouvernement partage largement la vision des promoteurs de l’initiative, il ne désire pas entamer immédiatement des négociations d’adhésion avec l’UE et veut surtout éviter toute confusion avec le dossier des accords bilatéraux qu’il considère comme prioritaire (voir supra). Comme contre-projet indirect à ce texte, le gouvernement a élaboré un arrêté fédéral simple (non soumis au référendum) en reprenant plusieurs éléments de l’initiative, notamment le premier article qui stipule que « la Suisse participe au processus d’intégration européenne et vise dans ce but à adhérer à l’Union européenne ». Dans ce projet, le Conseil fédéral mentionne toutefois clairement qu’il souhaite se réserver la décision de la réactivation de la demande d’adhésion en fonction des débats sur le rapport d’intégration (voir supra), de l’état des négociations bilatérales et sur la base des consultations. A la suite de la publication de ce message, le Nouveau mouvement européen suisse (NOMES) a annoncé qu’il ne retirerait pas son initiative tant que la procédure d’intégration ne serait pas entamée. Le parlement a jusqu’au 30 juillet 2000 pour se prononcer sur ce texte et au cas où il déposerait son propre contre-projet, le vote sur l’initiative pourrait être retardé d’un an et repoussé en 2002 ou 2003. Dans cet esprit, la discussion sur une motion Comby (prd, VS) demandant l’ouverture de négociations pour une adhésion à l’UE dès l’entrée en vigueur des accords bilatéraux a été combattue par le démocrate du centre Hanspeter Seiler (BE) et renvoyée par le Conseil national [17].

Plusieurs sondages ayant trait à l’adhésion de la Suisse à l’Union européenne ont été publiés en 1999. Rendue publique à la fin de l’année par l’EPFZ, une enquête a mis en évidence que 79% des Suisses approuveraient l’adhésion si la votation était fixée en 2010. De janvier à août, les opinions favorables à une adhésion sont passées de 50% à 57%. Un autre sondage effectué dans les pays de l’UE a montré que la Suisse serait la bienvenue dans l’Union. Le septante pour-cent des personnes interrogées s'est prononcé positivement à l’égard d’une adhésion de la Suisse. Avec un score de 84%, les Danois et les Hollandais se sont montrés les plus favorables, alors que le Royaume-Uni (64%), l’Irlande (64%) et le Portugal (59%) ont été les plus sceptiques [18].

Le conseiller national Christoph Blocher (udc, ZH) a proposé un moratoire sur la question européenne jusqu’en 2005 si la Suisse accepte les accords bilatéraux. Ce délai permettrait de calmer le jeu entre les partis pour pouvoir ensuite reprendre sereinement le débat. Sur ce même thème, le Conseiller fédéral Pascal Couchepin a parlé lui d’un moratoire de fait rendant irréaliste un vote sur l’adhésion à l’UE avant 2008. Cette date correspond au début de la deuxième étape de l’accord sur la libre circulation des personnes contre laquelle un référendum sera possible. Le NOMES, par la bouche de son président Marc Suter (prd, BE), a réagi à ces déclarations et a affirmé pour sa part qu’il s’était fixé comme but une adhésion en 2006. Provenant même du parti radical, d’autres réactions furent émises les jours suivants pour regretter cette prise de position du ministre de l’économie [19].