Pour le détail des opérations suisses d’aide humanitaire qui ont impliqué l’armée, voir infra, part. I, 3 (Activité internationale).

En raison du conflit au Kosovo et de ses conséquences en Suisse et sur place, le parlement s’est penché à plusieurs reprises sur la situation humanitaire dans les Balkans et a en général exprimé son souhait de voir la Confédération collaborer à la promotion de la paix et à la reconstruction dans cette région. Au mois d’avril, un petit groupe de députés représentant les quatre partis gouvernementaux se sont d’ailleurs rendus en Albanie. A leur retour, ils ont déposé avec succès dans chaque chambre deux textes demandant pour l’un au Conseil fédéral de tout mettre en œuvre pour tenter de parvenir à un cessez-le-feu au Kosovo et pour l’autre, que la Confédération continue d’accorder la priorité à l’aide sur place et renforce la coopération avec l’Albanie, le Monténégro et la Macédoine dans le cadre de l’aide aux pays de l’Est, ceci principalement par la voie de mesures sociales et d’investissements dans les infrastructures. Sur le même thème, la première partie d’une motion du groupe socialiste a également été transmise comme postulat. Ce texte proposait que le gouvernement alloue un crédit de 100 millions de francs aux programmes d’aide d’urgence, que les projets de reconstruction obéissent aux principes du développement durable et enfin qu’ils soient pris en charge par les Albanais du Kosovo contre rémunération (cash for work). La seconde partie de la motion a été classée, car considérée comme déjà réalisée. Elle demandait que le Conseil fédéral propose un crédit cadre pour la création d’un programme spécial destiné aux Balkans (le gouvernement avait débloqué à cette fin un deuxième crédit de 20 millions au début du mois d’avril). Par ailleurs, la petite chambre a transmis une recommandation Simmen (pdc, SO) qui demandait au Conseil fédéral d’apporter une aide à la reconstruction à la Serbie après les bombardements dont elle avait fait l’objet de la part de l’OTAN. Connaissant bien la situation pour s’être rendu sur place à plusieurs reprises, le Conseiller fédéral Joseph Deiss ne s’est pas opposé à une participation de la Suisse concernant l’apport d’une aide d’urgence. Mais il a rappelé qu’une aide à la reconstruction ou au développement était liée à certaines conditions, la Confédération ne désirant pas soutenir ou renforcer des régimes que simultanément elle condamne. Selon le rapport de gestion du Conseil fédéral, les coûts de toutes les mesures prises en relation avec le conflit du Kosovo se sont élevés en 1999 à quelque 1,2 milliard de francs [59].

La Suisse a fait part de son désir de participer de plein droit au Pacte de stabilité pour l’Europe du Sud-est, alors qu’elle ne jouit que d’un statut d’observateur avec droit de parole accordé par les Quinze. Dû à l'initiative de l'UE, ce pacte a été adopté au mois de juin 1999 par une trentaine de pays et d’organisations internationales. Par la reconstruction et la démocratisation, il vise à pacifier de manière durable la région des Balkans après la crise du Kosovo. Berne a notamment proposé de financer un des trois groupes thématiques du Pacte, à savoir celui consacré à la démocratisation et aux droits de l’homme. Lors du sommet de Sarajevo qui a lancé le Pacte, Joseph Deiss a plaidé une nouvelle fois pour le droit de la Suisse à y participer, étant donné les liens étroits qu’elle entretenait avec cette région et le fait que près de 400 000 ressortissants de l’ex-Yougoslavie vivaient sur sol helvétique [60].

L’Allemagne, les Etats-Unis et l’OTAN ont présenté leurs excuses à la Confédération après que la résidence de l’ambassadeur de Suisse à Belgrade a été endommagée par les bombardements de l’Alliance visant un dépôt de carburant voisin [61].