Lors de leur congrès annuel à Lausanne, les Suisses de l’étranger se sont prononcés en faveur des accords bilatéraux avec l’UE. Ils ont également profité de la venue de Joseph Deiss pour faire part de leur mécontentement dans le dossier de l’AVS facultative que le Conseil fédéral souhaite restreindre et qu’il a lié à l’accord sur la libre circulation des personnes. Avec plus d’un demi million de personnes (même si seuls 70 000 ont réclamé leur carte d’électeur), la Cinquième Suisse représente un potentiel électoral non négligeable. Mais malgré plusieurs candidatures, aucun Suisse de l’étranger n’a finalement été élu aux chambres fédérales lors des élections 1999. Leur participation à ce scrutin a même été légèrement plus faible qu’en 1995 [62].

Les autorités fédérales ont finalement reçu le rapport d’enquête final des autorités égyptiennes relatif à l’attentat de Louxor où de nombreux touristes suisses avaient perdu la vie en 1997. En novembre, un fonds doté de 4,8 millions de francs a été créé pour indemniser les victimes et leurs proches. En marge du sommet de l’OSCE à Istanbul, Joseph Deiss a rencontré son homologue égyptien, Amr Moussa et s’est entretenu avec lui de ce dossier de l’indemnisation. Par ailleurs, le DFAE s’est restructuré et a créé un nouvel état-major de crise (division politique VI) qui soutiendra plus rapidement les ressortissants suisses en difficulté ainsi que leurs familles [63].

La justice guatémaltèque et même le ministre de l’Intérieur du Guatemala, Rodolfo Mendoza, ont dénoncé l’existence de pression de la part du gouvernement helvétique pour obtenir la libération de trois Suisses accusés de trafic de drogue (affaire Hänggi). Suite à cela, le ministère public a fait recours avec succès contre le verdict de clémence délivré en 1998 à l’encontre des Suisses [64].