A l'instar des instances européennes, l’Office fédéral de la police a gelé plusieurs avoirs de dirigeants yougoslaves, dont le président de la RFY Slobodan Milosevic, ainsi que de plus de 200 autres personnes physiques et morales [87].

A l’issue du conflit, Berne a envoyé un représentant permanent à Pristina pour prendre la tête d’une mission suisse au Kosovo. Jusqu’alors, la Confédération traitait ses affaires dans la région depuis son ambassade de Belgrade. Le titre exact de ce futur « consulat général » ou de cette « représentation » n’est pas encore déterminé, la Suisse voulant en effet éviter de déplaire à la République fédérale de Yougoslavie et ne pas contredire l’ONU. La Confédération a également décidé d’ouvrir pour la première fois une représentation diplomatique en Macédoine à Skopje. Peu avant la fin du conflit, Joseph Deiss avait effectué une visite d’un jour en Macédoine et assuré les autorités du soutien, notamment financier, de la Suisse. Le chef du DFAE est retourné dans les Balkans au mois de juillet où il a pu en particulier s’entretenir avec l’administrateur civil des Nations Unies, Bernard Kouchner et Hashim Thaci, premier ministre du gouvernement provisoire du Kosovo. Au mois de novembre, c’est la Conseillère fédérale Ruth Metzler qui a effectué le voyage de Pristina pour rencontrer à nouveau Bernard Kouchner et se rendre compte de la situation sur place. En décembre à Skopje, Ruth Metzler a signé avec les autorités macédoniennes une déclaration d’intention concernant la coopération policière [88].