En complément de l’approbation globale des sept accords bilatéraux, les chambres fédérales ont dû se prononcer sur deux objets ayant trait à l’agriculture [10].

Le premier point concernait une adaptation de la loi fédérale sur les denrées alimentaires et les objets usuels. Concrètement, il s’est agi de rendre eurocompatible la législation helvétique dans tout le secteur de la production animale et non pas seulement dans celui de la production laitière, comme cela était le cas jusqu’alors. Grâce à cette modification, les produits suisses reconnus équivalents par l’UE devraient bénéficier du même traitement que leurs concurrents européens et donc améliorer leurs possibilités d’exportation. Première chambre à se pencher sur ce sujet, le Conseil des Etats a rejeté par 23 voix contre 8 une proposition Maissen (pdc, GR) de reporter sur l’Etat les frais d’autorisation et de contrôle, avant de souscrire à l’unanimité au projet du Conseil fédéral. Au Conseil national, le gouvernement a pu garder la possibilité de confier un peu de son pouvoir de décision à l’administration (74 voix contre 59), malgré la volonté de la majorité de la commission de biffer l’article concerné. Par contre, la proposition Maissen a été reprise avec succès par la commission du Conseil national, la chambre basse acceptant l’accord lors du vote sur l’ensemble par 130 oui et 11 abstentions. En deuxième lecture, les conseillers aux Etats sont revenus sur leur décision par 17 voix contre 15, contre la volonté de leur commission et celle de Pascal Couchepin puis ont à nouveau approuvé le projet à l’unanimité. A 188 voix contre 2 et 4 abstentions, le Conseil national a finalement accepté le projet [11].

Le second point touchait aux mesures d’accompagnement visant à adoucir le passage à un régime de concurrence accrue. S’appuyant sur la procédure de consultation où les principaux cantons agricoles, trois partis gouvernementaux (UDC, PDC, PRD) et plusieurs organisations paysannes (dont l’USP et l’UCPL) ont demandé de faciliter la mise en œuvre de l’accord relatif aux échanges agricoles, le Conseil fédéral a proposé une modification de la loi fédérale sur l’agriculture par le biais de l’extension des mesures d’entraide. En l’occurrence, le gouvernement a désiré permettre aux interprofessions de prélever des contributions auprès des producteurs non-affiliés, mais profitant malgré tout des efforts de marketing et de promotion de ces organisations. Ruedi Baumann (BE), président du parti écologiste suisse et du VKMB, a protesté contre cette volonté de réintroduire par la bande les contributions de solidarité refusées par le peuple suisse en 1995. L’OFAG a rétorqué que les conditions avaient changé, notamment avec l’entrée en vigueur de la libéralisation du marché agricole et que les pays de l’UE disposaient de telles mesures de promotion. Afin de respecter la volonté populaire (les opposants aux contributions de solidarité craignaient surtout de financer les coûts administratifs des organisations de producteurs), les nouvelles contributions ne doivent explicitement servir qu’à financer des mesures spécifiques de marketing, notamment dans le domaine de la production de fromages, de fruits et de légumes.

Traitant de ce sujet en premier, le Conseil des Etats a approuvé la modification proposée à l’unanimité. Les débats ont toutefois été plus soutenus au Conseil national. Appuyé par Ruedi Baumann (pe, BE), le Fribourgeois Fasel (pcs) a tout d’abord proposé sans succès (151 non contre 16 oui) de ne pas entrer en matière, cette mesure d’accompagnement n’ayant à son avis rien à voir avec les accords bilatéraux. Lors de l’examen de détail, une proposition Kunz (udc, LU), combattue par la gauche et Pascal Couchepin, d’inclure dans la modification de la loi une aide à la production de lait sans ensilage a été refusée par 95 voix contre 51. La chambre basse a par contre retenu (82 voix contre 43) celle du démocrate-chrétien Ehrler (AG) qui demandait de ne pas diminuer de 60 à 40 millions dans un délai de cinq ans les contributions destinées à la promotion des ventes, comme prévu dans la loi sur l’agriculture. Lors du vote sur l’ensemble, le Conseil national s’est prononcé favorablement par 122 voix contre 15 (10 pe) et 20 abstentions (15 udc). En deuxième lecture, le Conseil des Etats a décidé à l’unanimité de ne pas s’opposer à cette décision, à condition qu’elle n’implique pas une extension du crédit-cadre de 14 milliards. La chambre du peuple a en dernier lieu confirmé ce vote par 163 voix contre 22 et 10 abstentions [12].

Lors de son assemblée des délégués, l’USP a finalement approuvé ces accords bilatéraux à la quasi-unanimité et n’a pas souhaité lancer de référendum. Dressant par contre le constat d’une dégradation forte de leur pouvoir d’achat en comparaison internationale, les paysans ont demandé au Conseil fédéral de prévoir des mesures pour empêcher toute nouvelle chute des revenus agricoles. L’USP refuse en particulier toute nouvelle libéralisation dépassant les limites définies par la nouvelle loi sur l’agriculture [13].