En 1998, les paysans ont perçu 2,54 milliards de francs de paiements directs. Environ 62% sont allés aux paiements directs complémentaires et aux contributions écologiques. La somme restante se répartit entre les paiements compensatoires pour conditions de production difficiles (17%), les paiements destinés à orienter la production (16%) et les paiements à caractère social (6%). Le nombre des exploitations appliquant les règles de la production intégrée a encore augmenté pour atteindre 72% (67% en 1997), ce qui représente 77% de la surface agricole utile. De même, il y a désormais 7% d’exploitations biologiques (6,4% en 1997), soit 6,7% de la surface agricole totale. Les agriculteurs des zones de montagne et de colline perçoivent 57% des paiements directs, ce qui représente, selon les exploitations, entre 23% et 53% du rendement brut. Dans les exploitations de plaine, cette part n’était située qu’entre 13% et 23% [20].

La publication des montants des paiements directs reçus par chaque exploitation a été refusée par le Conseil national par 73 voix contre 57. Président de l’Union suisse des paysans, Marcel Sandoz (prd, VD) s’est vigoureusement élevé contre cette motion de Ruedi Baumann (pe, BE) au nom de l’égalité de traitement avec les autres professions. Par ailleurs, le Conseiller fédéral Pascal Couchepin a annoncé que le gouvernement avait décidé de maintenir le principe du secret pour la protection des données, estimant que la publication d’une partie du revenu de certaines personnes donnerait une fausse image de la situation réelle [21].

Par voie de motion, le conseiller national Tschuppert (prd, LU) a demandé au Conseil fédéral de préparer une révision du titre 3 de la loi sur l’agriculture afin de différencier plus clairement, dans l’attribution des paiements directs, l’indemnisation pour prestations effectuées des critères sociaux. Après que le Conseil fédéral eut proposé de transformer cette motion en postulat, la discussion fut renvoyée suite à l’opposition du socialiste Jutzet (FR). Une motion Freund (udc, AR) visant elle à modifier l’ordonnance sur les paiements directs a été transmise par la chambre du peuple. Le texte veut empêcher les propriétaires agricoles qui résilient un contrat d’affermage des terres pour reprendre leur exploitation de toucher des paiements directs avant un délai de cinq ans [22].

Les paysannes ont protesté contre la nouvelle réglementation en matière de paiements directs qui réduit progressivement la manne étatique à partir d’un certain niveau de revenu imposable ou de fortune déterminante (fortune déterminante = fortune imposable moins 120 000 francs par unité de main-d’œuvre standard) . En effet, lorsque la femme d’un paysan bénéficie d’un gain réalisé à l’extérieur, celui-ci est compté comme faisant partie du revenu imposable global de l’exploitation. Selon les paysannes, cette situation ne fait qu’encourager les agriculteurs au concubinage fiscal et constitue une inégalité de traitement en défaveur de la famille paysanne. Devant le refus du gouvernement d’entrer en matière malgré deux interventions parlementaires, le Tribunal fédéral a été saisi de l’affaire [23].