Nach dem 1998 dank dem Börsengang der Swisscom erzielten Überschuss von 484 Mio Fr. schloss die Staatsrechnung 1999 mit einem Defizit von 2,6 Mia Fr. Dabei fiel das Rechnungsergebnis positiver als erwartet aus, budgetiert war ein Ausgabenüberschuss von 3,9 Mia Fr. Entgegen dem Voranschlag konnten eine Ausgabenreduktion und konjunkturbedingte Mehreinnahmen erzielt werden. Gegenüber 1998 sanken die Ausgaben um 2,0% oder 934 Mio Fr. Die Darlehen an die ALV konnten im Berichtsjahr aufgrund der guten Wirtschaftslage zurückbehalten werden. Mehrausgaben verursachten indes die Passivzinsen, die Milchwirtschaft, die Entwicklungshilfe und die Fachhochschulen. Das Ausgabenbudget wurde im Berichtsjahr um 630 Mio Fr. unterboten. Namentlich in den Bereichen Verkehr, Landesverteidigung und bei den Beiträgen an die Kantone wurden insgesamt 3,4% der bewilligten Kredite nicht aufgebraucht. Die Nachtragskredite, die zu einem grossen Teil im Zusammenhang mit der Balkankrise genehmigt worden waren, erreichten 963 Mio Fr. Die Einnahmen fielen mit insgesamt 43,0 Mia Fr. im Vergleich zu 1998 um 4,1 Mia oder 8,6% geringer aus. Brachte der Börsengang der Swisscom dem Bund im vergangenen Jahr 2,9 Mia Fr. Mehreinnahmen ein, so führte die Änderung der Verbuchungspraxis bei der Verrechnungssteuer in diesem Jahr zu einem Einnahmeausfall von 2,9 Mia Fr. Hingegen verzeichneten die Einnahmen der Mehrwertsteuer dank dem auf den 1. Januar 1999 heraufgesetzten Steuersatz eine Zunahme von 1,8 Mia Fr. oder 13,6%. Infolge der guten Konjunkturlage erzielte der Bund ausserdem bei der direkten Bundessteuer einen Zuwachs von 824 Mio Fr. oder 8,5%. Die anziehende Konjunktur verschaffte dem Bund schliesslich bei den Zöllen, bei der Mineralölsteuer und der Tabaksteuer unerwartete Einkünfte. Insgesamt übertrafen die Steuereinnahmen den budgetierten Betrag um 129 Mio Fr. oder 0,3%. Bei den übrigen Einnahmen wurden die Erwartungen um 524 Mio Fr. übertroffen. Insbesondere umfangreiche Rückzahlungen von Darlehen, die der Bund der Exportrisikogarantie und der ALV gewährt hatte, sowie die Dividendenzahlungen der Swisscom fielen dabei ins Gewicht. Die Bundesfinanzen befanden sich mit dem erzielten Ergebnis besser als erwartet auf dem Kurs in Richtung Haushaltziel 2001 [38].

Die Erfolgsrechnung schloss bei einem Gesamtaufwand von 47,8 Mia Fr. und einem Gesamtertrag von 43,4 Mia Fr. mit einem Aufwandüberschuss von 4,4 Mia Fr. Das Ergebnis überbot den Ausgabenüberschuss der Finanzrechnung um 1,8 Mia Fr. Diese Differenz entsprach in etwa den Abschreibungen auf dem Verwaltungsvermögen (2,4 Mia Fr.) abzüglich der frei werdenden Wertberichtigungen. Investitionen wurden durch die unerwartet hohen Rückflüsse aus Darlehen und Beteiligungen weitgehend ausgeglichen. Die Bilanz wies bei einer Bilanzsumme von 124,6 Mia Fr. einen Fehlbetrag von 72 Mia Fr. auf. Aufgrund der im Berichtsjahr verbuchten Restfinanzierungslast der SBB von 14,6 Mia Fr. und des erzielten Ausgabenüberschusses von 4,4 Mia Fr. erhöhte sich der Bilanzfehlbetrag des Bundes innerhalb eines Jahres um 19 Mia Fr. Hingegen ermässigten sich die Gesamtschulden des Bundes aufgrund verschiedener Finanzierungsaktionen um 14 Mia Fr. und beliefen sich Ende 1999 auf insgesamt 102 Mia Fr. Nach einem kontinuierlichen Anstieg der Bundesschuld in den 90er Jahren wurde dieser Trend 1999 gebrochen. Die Verschuldungsquote des Bundes betrugt 26,3% [39].