En juin 1999, Moritz Leuenberger avait créé le groupe d'experts EKRA afin de comparer les différents modèles de gestion des déchets radioactifs (stockage final géologique, entreposage à long terme contrôlé et récupérable et stockage intermédiaire) et de proposer des démarches à adopter. Le rapport et le modèle proposés par le groupe EKRA étaient prévus pour s’inscrire dans la loi sur l’énergie nucléaire (LENu). Les travaux de l’EKRA, rendus publics en février, recommandaient un modèle de stockage géologique durable associant le stockage final à la possibilité de récupérer les déchets: les objectifs sous-jacents étaient, d’une part, de garantir la sécurité de l’être humain et de l’environnement et, d'autre part, de laisser la liberté aux générations futures de décider de fermer le dépôt ou d'en maintenir l'accès grâce à la réversibilité. L'EKRA a toutefois souligné la précarité de faire des prévisions sur 100 000 ans. Le modèle proposé par l'EKRA prévoyait en plus du dépôt principal l'aménagement d'un dépôt test et d'un dépôt pilote, soumis à une phase d'observation prolongée. Au niveau du site type, l'EKRA concluait que Wellenberg (NW) satisfaisait aux exigences du stockage final géologique aussi bien qu'à celles du stockage géologique durable contrôlé. Pour l'EKRA, les options de stockage à l'étranger ne constituaient pas une alternative à la solution du problème en Suisse. Ainsi d'après eux, il convenait de poursuivre le programme lié aux déchets nucléaires avec le modèle du Wellenberg actualisé comme point de départ [22].

En mars 2000, le Conseiller fédéral Leuenberger s'est entretenu avec une délégation du gouvernement de Nidwald afin de définir les démarches à entreprendre en vue de créer un dépôt pour les déchets faiblement et moyennement radioactifs au Wellenberg. Il a été décidé de déterminer au moyen d'une galerie de sondage les résultats obtenus et l'opportunité de principe d'implanter le dépôt au Wellenberg. Malgré l'opposition des associations locales, Moritz Leuenberger a confirmé sa volonté de poursuivre le projet Wellenberg [23].

Etudiant la demande d'étude de forage et de dépôt, les autorités nidwaldienne, sous conseil d'experts, ont jugé qu'elle remplissait les conditions et était donc de facto recevable. La votation était prévue pour l'automne 2001. C'est la deuxième fois après le non de 1995 que le souverain nidwaldien est appelé à retourner aux urnes sur le thème du dépôt de déchets nucléaires. Les associations écologistes et les stations touristiques ont déjà fait part de leur opposition [24].

Le dépôt intermédiaire central pour les déchets radioactifs (ZWILAG) de Würenlingen (AG) a été inauguré en avril. Celui-ci représentait un investissement total de 500 millions financés par les centrales atomiques suisses. Comme aucune objection n'avait été formulée lors de la procédure publique, le Conseil fédéral a pu lui accorder l'autorisation d'exploitation pour les installations de traitement de déchets (installation de conditionnement, d'incinération et de fusion). D'autre part, il a modifié l'ordonnance sur la responsabilité civile en matière nucléaire et a fixé la prime d'assurance du dépôt intermédiaire Würenlingen SA pour la couverture fédérale. Cette assurance a dû être contractée pour couvrir la différence entre la couverture assurée à titre privé (700 millions) et la couverture prescrite par la loi (1 milliard). L'assurance fédérale couvrait en outre les risques que les assureurs privés sont en droit d'exclure (événements naturels, guerre...) [25].