L'accord bilatéral avec l'UE sur les transports, négocié en 1999 [2], a été soumis dans un seul paquet avec les six autres accords à la population lors de la votation du 21 mai. Pour les détails sur la votation et son acceptation par le souverain, voir supra, part. I, 2 (Europe: UE). Dans l'accord, l'Union Europénne acceptait les grands principes de la politique suisse des transports, et notamment l'idée selon laquelle la maîtrise à long terme de la croissance du trafic à travers les Alpes passait par le transferts des marchandises de la route au rail. Elle approuvait également le dispositif suisse mis en place pour atteindre le transfert du trafic, en particulier la perception de la taxe poids lourds (la redevance sur le trafic des poids lourds liée aux prestations, RPLP) ainsi que les mesures d’accompagnement au profit du rail. La RPLP était donc intimement liée à la mise en application de l'accord sectoriel sur les transports terrestres (pour de plus amples détails, voir paragraphe ci-dessous à son sujet) [3].

En été, le DETEC a ouvert la procédure de consultation relative aux diverses ordonnances concernant l'application de l'accord conclu avec l'UE sur les transports terrestres. Les ordonnances régissaient surtout les questions portant sur le contingentement des camions de 40 tonnes, les courses à vide et acheminant des marchandises légères, les exigences minimales pour l'admission comme transporteur routier, ainsi que les normes techniques et sociales pour le déroulement des transports de marchandises dangereuses par route. La consultation s'est achevée sans remarques significatives [4].

Devant l'intention de la Confédération de mettre en vigueur la RPLP en janvier 2001, Bruxelles et le lobby routier (Union internationale des transports routiers) ont manifesté leur volonté à ce que la Conseil fédéral introduise également simultanément les contreparties prévues à cet effet dans l'accord bilatéral (contingents de 40 tonnes et tarifs spéciaux pour transports à vide). L'UE refusait d'accepter une taxe pour traverser la Suisse, si celle-ci n'ouvrait pas sa frontière aux 40 tonnes. Comme prévu le Conseil fédéral a décidé d'introduire la RPLP, mais afin de mieux la faire accepter, le gouvernement a décidé d'augmenter la limite de poids actuelle de 28 tonnes à 34 et de libérer à la même date les contingents pour véhicules de 40 tonnes prévus dans les accords bilatéraux. En faisant cette proposition, Berne passait outre la fin du processus de ratification des accords bilatéraux [5].

Si une majorité des pays de l'UE était d'accord d'accepter l'offre du Conseil fédéral (ouverture des contingents pour 40 tonnes au 1.1.01 pour compenser l'introduction de la RPLP liée aux prestations à la même date), plusieurs pays dont l'Italie, les Pays-Bas, l'Autriche et le Portugal ont émis des réticences. Le problème tenait au fait que les Quinze n'étaient pas d'accord sur la répartition des 300 000 autorisations annuelles pour les 40 tonnes auxquelles ils avaient droit dès janvier 2001. En plus de cela, ils redoutaient des distorsions de concurrence, les camionneurs suisses disposant d'un avantage sur les transporteurs européens. Devant l'impasse, le dossier a été renvoyé aux ambassadeurs des Quinze pour arbitrage. Ces derniers ont réussi à tomber d'accord sur la répartition des contingents d'autorisations de circulation des 40 tonnes et des camions de produits légers sur le territoire suisse. La clé de répartition des permis était: Allemagne 25% des permis, Italie 24%, France 15%, NL 8,9%, Autriche 8%, Belgique 6,9%, UK 3,35%, Espagne 2%, Luxembourg 1,45%, Danemark 1,4% et les autres pays ont moins de 1% des autorisations. Le mode de calcul a tenu compte du trafic de transit et du trafic bilatéral existant entre chaque pays de l'UE et la Suisse. Suite à cet accord, plus rien ne s'opposait politiquement à l'introduction de la RPLP [6].