Devant la querelle sur le tracés du nouvel axe ferroviaire du Gothard entre le canton d'Uri (variante montagne) et l'administration fédérale et les CFF (variante plaine) [27], le dossier a été transmis au début de l'année pour arbitrage à l'Office fédéral de l'aménagement du territoire. Ce dernier a rendu son expertise au Conseil fédéral, qui a opté pour le tracés de la ligne de chemin de fer par la vallée au niveau de la Reuss. Le gouvernement a choisi la variante "plaine", car elle présentait à ses yeux plus d'avantages du point de vue de l'exploitation et de la technique de construction ferroviaire que celle sous tunnel (variante "montagne") qu'avait proposé le canton d'Uri afin de réduire les nuisances pour la population et l'environnement. En outre, la variante "vallée" a également un atout supplémentaire en ce qui concerne l'équipement de la zone d'habitat. Le Conseil fédéral a estimé qu'il n'était pas judicieux de construire des tronçons qui pouvaient par la suite ne pas satisfaire aux exigences techniques posées par une liaison nord-sud performante. Selon lui, la variante du canton d'Uri n'aurait pas été à même de garantir les capacité des transports et le transfert du trafic routier de marchandises sur le rail. Elle imposait un tronçon en forme de goulet d'étranglement à l'entrée du tunnel d'Erstfeld et des virages trop serrés dans la montagne, ce qui conduirait à un ralentissement des trains et à une impossibilité de former des longs convois de marchandises (entre 750 et 1500 mètres). La variante "plaine" a subi des changements par rapport à son concept initial; le viaduc au nord d'Altdorf a été abandonné après prise en compte des désagréments et pesée des intérêts. En remplacement, un tunnel a été évoqué. Toutefois, par rapport à sa décision, le Conseil fédéral a fait savoir que le tracés définitif pouvait encore être amélioré, notamment en ce qui concernait les tronçons réalisables dans 20 ou 30 ans [28].

Les réactions uranaises n'ont pas tardé; ses conseillers aux Etats Inderkum (pdc) et Stalder (pdc) ont déposé une interpellation pour une solution conciliée concernant le projet ferroviaire du Gothard. La population uranaise a exprimé son mécontentement en manifestant publiquement contre la décision fédérale et son soutien à la solution dans la montagne. De cette dernière est née une alliance supra-partisane pour un trafic dans la montagne, qui a lancé une initiative. En septembre, la Confédération a répondu à l'interpellation Inderkum en arguant que la variante tunnel avait été étudiée et qu'elle n'était pas un tracés optimal à cause des pertes de capacité qu'elle entraînait [29].

A la fin de l'année, la Confédération a signé des conventions concernant la construction des lignes ferroviaire à travers les Alpes; avec les CFF et AlpTransit pour le Gothard et avec le BLS et BLS AlpTransit pour le Loetschberg [30].

Quant aux tunnels prévus pour une deuxième étape dans les NLFA, le Conseil fédéral n'a pas donné suite aux demandes d'anticipation de travaux et pour les projets du Monte Ceneri et du Zimmerberg [31].

Suite à un rapport de l'entreprise Hayek, la Délégation parlementaire de surveillance des NLFA (DSN) s'est rendue compte du risque d'explosion du cadre financier de 12,6 milliards de francs des NLFA à 13,6. La première raison est que l'utilisation de l'indice des constructions de Zurich n'était pas adapté pour les coûts des travaux. L'OFT a dû s'atteler à la création d'un nouveau. A noter que le renchérissement n'a pas été pris en compte. Par conséquent les offres présentées pour les différents chantiers dépassaient les crédits initialement prévus. Le second facteur de surcoût était lié à la sécurité; certaines installations n'avaient pas été prévues, comme par exemple le Monte Ceneri, qui a dû être équipé de galeries séparées. Il avait également été décidé d'équiper les tunnels principaux de passages transversaux de secours tous les 300 mètres au lieu de 600 [32].

Les CFF ont débloqué 200 millions pour les gares de Zurich (145 millions pour les parois et la dalle de la future enveloppe de la deuxième gare souterraine) et de Berne (58 millions pour la rénovation du nouvel accès) [33].