Les CFF, les chemins de fer allemands (DB) et autrichiens (ÖBB) ont signé un accord d'alliance: la TEE Rail Alliance (TransEuropeanExcellence). Les trois compagnies restent indépendantes l'une de l'autre. Leur premier objectif était de proposer un horaire adapté à tous et d'abandonner les changement de personnel et de trains à la douane. Le second visait à obtenir des tarifs unifiés et transparents. Les CFF, les DB et les ÖBB ont aussi émis la volonté de commander ensemble dans le futur 130 trains à caissons inclinables. Grâce à cette acquisition d'environ 2,5 milliards, les coûts baisseraient de 10% [38].

Libérés du cadre unique du service public national, les CFF ont tourné leur regard sur l'étranger et plus particulièrement sur l'Angleterre. Pour être concurrentiels dans la libéralisation du marché anglais, les CFF ont signé un contrat de collaboration avec la société John Laing Investissement et sa filiale M40 Trains Ltd. La stratégie de la direction répondait à un besoin d'expansion, car selon elle le marché suisse était saturé et donc l'ouverture sur l'étranger était l'unique possibilité importante de croissance. En collaboration avec son partenaire, les CFF avaient l'intention de briguer deux des 25 concessions accordées dans le cadre des privatisation des chemins de fer anglais. Le dévolu était jeté sur les lignes Wessex et Thames dont la concession pour le réseau (couverture de 300 gares et de 1400 kilomètres) arrivait à échéance en 2003-2004. Au niveau des réactions, la Confédération, actionnaire principal, soutenait la décision de l'ex-régie de se lancer dans la course à ces deux concessions anglaises, car elle augmenterait sa capacité concurrentielle au plan international. Pareillement, le DETEC estimait qu'il s'agissait d'une conséquence logique des accords bilatéraux: si les compagnies étrangères ont le droit d'entrer sur le marché suisse, il est normal que les CFF puissent mettre le pied à l'étranger. Les syndicats et les employés ont par contre réagi de manière courroucée à cette annonce [39].

Les conseils d'administration des CFF et des Chemins de fer italiens (FS) ont décidé au début de l'année la création d'une société commune – Cargo SI – de transport de marchandises. Il était prévu que la nouvelle entreprise soit indépendante dans ses activités et responsable de promouvoir et gérer le fret. Sa mise en activité était prévue pour le 1er janvier 2001. Le lancement de Cargo SI était toutefois suspendu à la décision de la Commission de la concurrence de l'Union Européenne. Les événements logistiques et politiques firent qu'il n'y eut même pas besoin d'aller jusque-là. En effet, à cause de la complexité de l'intégration et de l'assimilation du personnel des deux compagnies et des deux réseaux de distribution en un, les CFF et les FS ont décidé en commun de geler la mise en service de l'entreprise. Bien que la fusion ait été abandonnée, la collaboration entre les deux entreprises ferroviaires s'est poursuivie, mais cette fois de façon plus lente afin de pouvoir incorporer des cultures d'entreprises différentes (apport matériel, tarification....) et gérer des problèmes complexes comme sur le fond de la fronde sociale [40].

Du fait de l'ouverture des marchés dans le monde des lignes privées qu'a engendré la nouvelle loi sur les chemin de fer et de l'attractivité que créera la libéralisation de l'accès au réseau ferroviaire et la construction de deux nouveaux tunnels de base au Gothard et au Lötschberg, les CFF ont fait une offre de reprise à la compagnie Berne-Lötschberg-Simplon (BLS) et à son actionnaire principal, le canton de Berne, propriétaire de 65.1% des actions. Leur but était d'étendre leur marché et d'éviter que l'accord de coopération qu'avait la Deutsche Bahn avec les BLS n'ouvre la porte du réseau suisse à la compagnie allemande. Le conseil d'administration de la BLS a rejeté l'idée de fusion, mais il a entamé des discussions avec les CFF en vue déboucher sur des modèles de collaboration. En juin, le Conseil d'Etat bernois et le canton de Berne ont approuvé un accord, qui a été soumis à la Confédération. Le Conseil fédéral l'a aussi plébiscité. Résultat de la réforme des chemins de fer, l'accord postulait un désenchevêtrement des tâches, l’idée consistant à ne conserver qu'un acteur là où c'était possible. Il revêtait la forme d'une lettre d'intention qui fixait les grands principes de la collaboration, mais ne réglait pas les détails de la restructuration, comme par exemple les modalités du transfert et les répercussions pour les divers acteurs touchés. De ce fait un groupe de travail commun composé de l'OFT, l'AFF, le canton de Berne, les CFF et les BLS, a été constitué [41].

La lettre d'intention excluait pour des raisons plus politiques qu'économiques la fusion des deux entreprises: ayant accordé un crédit de près d'un milliard de francs pour le développement des doubles voies du Lötschberg au début des années 80 et participant au financement du nouveau tunnel de base dont le propriétaire serait au final les BLS, la Confédération, unique actionnaire des CFF, payerait en cas de fusion deux fois l'infrastructure du BLS. En termes concrets, pour permettre aux CFF d'acquérir 34% d'actions, le canton de Berne était prêt à en céder au maximum 15%; pas d'avantage, car il voulait rester l'actionnaire majoritaire. De son côté, la Confédération, détentrice de 17,56% du capital, proposait de se dessaisir d'une partie de ses actions. Le Conseil fédéral soutenait la création d'une filiale spécifique pour l'infrastructure du réseau BLS et souhaitait se concentrer sur celle-ci, car cela permettrait de résoudre la question du prêt de 1 milliard qu'elle avait accordé pour l'axe du Lötschberg. Si l'achat des actions sub-mentionnées additionnées à celle des petits actionnaires était une des solutions, l'autre consistait à augmenter le capital. Au niveau de la desserte des passagers, l'accord prévoyait que les BLS reprennent la totalité du réseau express régional bernois. Cela impliquait que les CFF leur cèdent les lignes de Thoune-Berne-Fribourg et de Bienne-Berne-Belp-Thoune. Quant aux CFF, le trafic national et international sera leur affaire exclusive. Tous les trains Intercity et Eurocity circulant sur l'axe Bâle-Berne-Brigue-Milan par le Lötschberg ainsi que ceux qui desservent Interlaken seront gérés par l'ex-régie. Dans le domaine des marchandises, le secteur demeurera en régime de concurrence. Les BLS créeront une filiale BLS Cargo dont la DB sera leur partenaire. La concurrence ne concernera que le transport des marchandises par trains complets. En effet, le transport de voitures restera l'apanage des BLS et le ferroutage prévu pour le 8.1.2001 sur l'axe Fribourg-en-Brisgau-Novare par le Lötschberg continuera d'être exploité en partenariat par les BLS, les CFF et la société de transport HUPAC. Au final, chaque compagnie restera concessionnaire de son réseau [42].

Toujours comme conséquence de l'ouverture du marché des chemins de fer en Suisse, les CFF et les MThB (Mittelthurgaubahn) se sont associés pour fonder une joint-venture. La filiale commune, baptisée Regionalbahn Ostschweiz (RBO) sera fondée pour l'été 2001 et entrera en service dès la fin 2002. L'exploitation vise à aménager l'offre régional pour les transports dans la région du Bodensee, mais le trafic voyageurs de longue distance et celui des marchandises ne seront pas concernés par le projet. Les CFF y seront les actionnaires principaux et les MThB disposeront d'une minorité de blocage [43].