Berlin, via son ministre des Transports Reinhard Klimmt, a annoncé en mai sa décision à Moritz Leuenberger et au Conseil fédéral de résilier l'accord international de 1984 réglant les vols à destination et en provenance de Zurich qui empruntent l'espace aérien allemand. Une négociation, dans laquelle l'Allemagne exigeait de la Suisse une réduction radicale des survols de son espace aérien proche de Kloten, avait été entamée depuis 1998, mais elle n'avait abouti à rien. Dans les négociations qui avaient été menées, la Suisse était représentée par l'Office fédéral de l'aviation (OFA). Cette dernière, de concert avec Zurich et la direction de Swissair, n'a pas voulu faire de concessions. Par cet acte unilatéral, le gouvernement allemand est venu au secours du village allemand de Hohentengen, distant d'une quinzaine de kilomètres de Kloten. Au lieu des 140 000 vols recensés par année, l'Allemagne était prête à n'en tolérer plus que 80 000. En outre, elle réclamait de prolonger de deux heures la fenêtre d'interdiction des vols de nuit, soit entre 21h et 7h au lieu de 22h à 6h. Dès la fin mai 2001, Berlin entendait fixer par voie d'ordonnance ses propres conditions au survol du sol allemand. Les Allemands ont joué finement là où les revendications des populations riveraines de Kloten avaient échoué face aux intérêts de Swissair et de la direction de l'aéroport. La pression était accrue, car au 31 mai 2001 le traité germano-suisse devait être renouvelé, ainsi que la concession pour l'aéroport accordée par le Conseil fédéral au canton de Zurich. Malgré le fait accompli, l'Allemagne a ouvert le dialogue.

La Suisse a été mise dans une situation d'état d'urgence; divers scénarios ont été imaginé avec le DDPS pour trouver une alternative à l'approche des avions sur le seul axe du nord (Hohentengen). La mise à disposition de l'espace militaire de Dübendorf (ZH) et d'Emmen (LU), ainsi que la répartition des nuisances sur la ville de Zurich et ses communes ont été évoquées. Par contre, personne n'avait envisagé de transférer des vols sur Genève ou Bâle. La Suisse fit des contre-propositions à l'Allemagne dans le but de protéger le hub intercontinental; au niveau du nombre des vols, Berne ne voulait pas de plafonnement, mais un socle de départs additionnés d'un pourcentage de la croissance estimée des mouvements aériens pour les dix prochaines années; au niveau des vols, le Conseil fédéral refusait la revendication d'interdiction de vol le week-end, mais acceptait le survol par le sud de l'aéroport. Les contre-propositions suisses ne firent pas mouche et l'antagonisme de départ, à savoir d'un côté Berne qui voulait assurer le développement de Kloten et de l'autre Berlin qui voulait soulager du bruit les riverains allemands de l'aéroport, demeura intact. Le round de négociations à Waldshut (D) en décembre a abouti à une impasse totale entre les deux parties: les Allemands n'entrèrent pas en matière sur les propositions suisses et les Suisses refusèrent le plafonnement, estimant qu'il contrevenait à l'accord sur le transit et à la Convention de Chicago sur l'aviation civile de 1944 [69].

L'aéroport international de Genève (AIG) n'est pas parvenu à faire annuler par le Tribunal fédéral la loi genevoise votée en juin 1999 qu'il l'obligeait à assumer lui-même l'indemnisation des riverains . Il a aussi été débouté sur la demande d'annulation de la loi qui mettait à sa charge l'amortissement (40 millions) et les intérêts d'un crédit de 20 millions destiné à couvrir ces indemnités. La demande de renouvellement de la concession fédérale pour l’exploitation de l'AIG a polarisé l'attention de la classe politique. D'un côté, la gauche en a profité pour proposer de soumettre l'aéroport à un contrat de prestations afin qu'il reste un outil de la politique économique du canton. De l'autre, les libéraux avec les autres partis de l'Entente ont élaboré un contre-projet de loi censé permettre, à l'instar de Zurich, d'accroître davantage l'autonomie de Cointrin. Il s'agirait de créer une société anonyme d'économie mixte [70].