Sur les 300 000 tonnes d'emballages en verre utilisés chaque année en Suisse, la collecte annuelle s'élève à 280 000 tonnes. Les communes se sont plaints que la charge financière inhérente à la collecte, au transport et au recyclage du verre allait à l'encontre du principe du pollueur-payeur inscrit dans la loi sur la protection de l'environnement. Le secteur concerné n'ayant pas réussi à établir un système de financement librement consenti pour le recyclage du verre, le Conseil fédéral a décidé d'introduire une taxe d'élimination anticipée sur les bouteilles de verre pour boissons afin de soulager les communes des 30 millions de francs de frais annuel de recyclage. Celle-ci a été introduite par une révision de l'Ordonnance sur les emballages pour boissons (OEB). L'ordonnance est désormais applicable à toutes les boissons, à l'exception du lait et des produits laitiers. Le montant exact de la taxe que devront payer les fabricants et les importateurs sur les bouteilles de verre sera fixé par le DETEC. L'OFEFP l'estimait de 5 à 7 centimes par bouteilles de 7 décilitres. Cette taxe servira à financer la collecte et le transport du verre destiné à être recyclé, le nettoyage et le tri des bouteilles restées intactes ainsi que le nettoyage et le traitement des tessons de verre. L'OFEFP mandatera une organisation privée pour percevoir la taxe et la redistribuer aux entreprises, subventionnées et chargées par les communes de la collecte et du recyclage [12].

Profitant de la révision de l'ordonnance sur les emballages de boissons, le Conseil fédéral a levé l'interdiction des bouteilles en PVC. Décidée dans les années quatre-vingt, cette mesure était justifiée par des raisons écologiques: les bouteilles de PVC (polychlorure de vinyle) dégagent de l'acide chlorhydrique lors de leur incinération et gênaient en outre le recyclage des bouteilles en PET. Grâce aux progrès techniques, les usines d'incinération peuvent actuellement capter ce gaz toxique et le neutraliser. Quant aux installations de tri, elles sont aussi à même de séparer automatiquement les bouteilles en PVC des bouteilles en PET. L'interdiction a été levée sur ces éléments, d'autant que depuis les bouteilles de PVC ont été largement remplacées par celles de PET non polluant. Cependant, les négociants seront désormais tenus de prélever une consigne sur ces bouteilles. Selon les estimations, la consigne devrait permettre de recycler 85% des 300 000 tonnes vendues suite à la levée de l'interdiction et en pratique les usines d'incinération d'ordures ménagères ne s'attendent guère à devoir recycler plus de 50 tonnes par an de bouteilles. Au niveau de la levée en elle-même, il est à constater que le Conseil fédéral est passé outre l'opposition générale exprimée lors de la mise en consultation du projet en 1999. Pour la plupart des milieux consultés, c'était un mauvais signal qui pourrait entraîner un recours accru aux emballages des biens de consommation en PVC, malgré ses dangers (fabrication, transport, incinération).

L'OEB a maintenu son exigence que les bouteilles de verre, les canettes en aluminium et les bouteilles en PET soient recyclées de façon performante dans l'ensemble du pays. Elle fixait un taux de recyclage de 75% au moins. Si ce taux n'est pas atteint pour l'une ou l'autre matière, les emballages fabriqués dans cette matière seront soumis à une consigne [13].

Pour financer l'assainissement des sites contaminés, le Conseil fédéral a décidé de prélever une taxe sur le stockage définitif des déchets en Suisse et sur leur exportation. Il a fixé au 1er janvier 2001 l'entrée en vigueur de l'ordonnance sur la taxe. Celle-ci visait à accélérer la réfection d'anciennes décharges ou d'aires industrielles dont la pollution constituait une menace pour la population et l'environnement. Le montant de la taxe atteindra au maximum 20% des coûts de stockage et variera selon le type de décharge. Elle sera de 15 francs par tonne pour les décharges contrôlées pour résidus stabilisés, de 20 francs par tonne pour les décharges contrôlées bioactives et de 50 francs pour les exportations en vue d'un stockage dans des décharges souterraines. Les décharges contrôlées pour matériaux inertes et déchets de chantier ne seront pas soumises à la taxe, car l'OFEFP considérait que le contrôle serait trop difficile et les frais administratifs disproportionnés. Ainsi la principale critique exprimée par les cantons et les milieux économiques consultés a été prise en compte. Selon l'OFEFP, l'assainissement d'un site contaminé coûte généralement plusieurs centaines de milliers de francs voir jusqu'à 100 millions de francs dans certains cas. Ces frais doivent être pris en charge par le responsable de la pollution. S'il est inconnu ou insolvable, la facture revient au canton. Dans de tels cas et pour l'assainissement de déchets ménagers, la Confédération prend en charge 40% des coûts, soit environ 30 millions de francs par an [14].

Confrontée à une grande sous-capacité d'incinération, la Confédération a autorisé une mise en décharge des déchets tessinois et fribourgeois. Les premiers auraient dus envoyer leurs 150 000 tonnes annuelles d'ordures à Zurich, mais devant leur intransigeance et la continuation de mise en décharge au nez et à la barbe de la Confédération, l'OFEFP a régularisé le fait accompli. Concernant les déchets fribourgeois, la Confédération et le canton ont trouvé un accord, moyennant une dérogation à l'Ordonnance sur le traitement des déchets (OTD). La mise en balles des déchets de 153 communes fribourgeoises et leur stockage provisoire à l'usine Sorval de Châtel-Saint-Denis ont été suspendus en août, en contre partie la décharge à ciel ouvert de Sorval a été réouverte. Néanmoins, le canton de Fribourg continuera d'exporter la majorité de ses déchets ménagers à Zurich en attendant la mise en fonctionnement prévue pour août 2001 de l'usine d'incinération de Châtillon [15].

Le Conseiller fédéral Moritz Leuenberger a signé au mois de mars le Protocole de Bâle concernant la responsabilité internationale en cas de transports de déchets spéciaux. Ce protocole établit un régime complet de responsabilité pour les transports internationaux de déchets spéciaux. L'exportateur répond du transport jusqu'à ce que les déchets aient été délivrés à l'entreprise d'élimination dans le pays d'importation conformément aux prescriptions. Ensuite, c'est l'éliminateur qui en est responsable. Le Protocole de Bâle complétait la Convention de Bâle sur les déchets spéciaux, conclue en 1989 [16].

Alerté par les écologistes de Franche-Comté (F), Pierre Kohler (pdc), président du gouvernement et chef du département cantonal jurassien de l'environnement, a sommé la Basler Chemische Industrie (BCI) – les entreprises de la chimie bâloise (Novartis, Ciba, Clariant, Hoffmann-Roche, Rohner, Säure et Henkel&Cie) – d'assainir définitivement la décharge industrielle de Bonfol (JU). Le canton avait déjà demandé à la chimie bâloise en 1995 et 1998, suite à l'entre en vigueur de l'ordonnance sur les sites contaminés, de nettoyer la décharge. Le ministre jurassien entendait par là appliquer la nouvelle ordonnance fédérale sur les sites contaminés qui prônait le principe du pollueur-payeur. De 1961 à 1976, 114 000 tonnes de déchets toxiques ont été déposés sur les 20 000 m2 de la décharge jurassienne de Bonfol qui jouxte la commune de Pfetterhouse du côté de la frontière française. La majeure partie des déchets provenaient de l'industrie bâloise, mais aussi de l'armée suisse et de l'industrie horlogère. Ils ont ensuite été recouverts d'argile. La densité de la couverture n'étant pas optimale, elle a permis des infiltrations d'eau. A la mi-avril, le groupe de travail mandaté par le canton du Jura a livré ses premiers résultats; le site était pollué et ne répondait plus aux exigences légales. Dans le même temps, la commune de Bonfol, bénéficiaire d'importantes taxes et d'un forfait annuel pour la décharge, a demandé à être associé aux décisions prises. Les militants de Greenpeace se sont aussi manifestés en occupant la décharge afin que les déchets soient débarrassés.

A mi-mai, la BCI a donné son accord formel pour un assainissement total de la décharge chimique, mais elle a refusé d'adhérer au calendrier d'assainissement. Pour elle, l'acceptation de la responsabilité de pollueur-payeur allait de concert avec l'idée de pollueur décideur. Les résultats finaux de l'évaluation du site ont conclu que la décharge était bien polluée et devait être assainie dans les délais les plus brefs. Le Parlement jurassien a voté unanimement une résolution exigeant l'assainissement dans un délai de cinq ans et chargeait la BCI d'entreprendre les travaux nécessaires. Condition du départ de Greenpeace du site, la BCI s'est engagée par un accord avec Greenpeace et le Collectif Bonfol à financer outre l'étude de variantes d'assainissement de la décharge, des analyses complémentaires sur la nature géologique et hydrologique du sous-sol de la décharge. En octobre, le ministre jurassien et la BCI ont signé une convention dans laquelle la chimie bâloise s'engage à assainir d'une "manière complète et définitive" la décharge ajoulote dans les meilleurs délais. La seule concession obtenu par la BCI a été que le canton du Jura supprime l'échéance fixée à six ans. La convention prévoyait une étude neutre analysant et déterminant les variantes d'assainissement, tenant compte d'impératifs techniques, écologiques et de sécurité. Elle devra aussi fixer le délai d'achèvement des travaux. Leur commencement est prévu pour le printemps 2002. Le Jura est l'autorité de surveillance et la BCI s'est engagée à remplir ses obligations à l'égard de la commune de Bonfol. Un accord particulier entre la BCI et cette dernière a été mis en préparation. Le gouvernement et la BCI ont également décidé de préparer un accord de garantie financière à long terme. Le canton voulait se prémunir en cas de disparition de l'une ou l'autre des entreprises responsables de la décharge chimique [17].